Przejdź do menu głównego. Przejdź do nawigacji strony. Przejdź do treści strony.

Pracownia Proteomiki Klinicznej


Zespół kierowany przez prof. Piotra Widłaka i dr hab. Monikę Pietrowską

Główne kierunki badań

•  Zastosowanie spektrometrii mas do identyfikacji i weryfikacji nowych markerów proteomicznych i metabolomicznych o potencjalnym znaczeniu w molekularnej diagnostyce chorób nowotworowych.

•  Rola pecherzyków wydzielania pozakomórkowego w komunikacji miedzy komórkami.

•  Komórkowa odpowiedź na stres i regulacja szlaków przekazywania sygnału indukowanych przez promieniowanie i inne czynniki uszkadzające DNA

Słowa kluczowe:
proteomika; metabolomika; spektrometria mas; obrazowanie MALDI; proteom surowicy krwi; biomarkery; sygnalizacja komórkowa; odpowiedź na stres; regulacja ekspresji genów; promieniowanie jonizujące; egzosomy

Historia zespołu

W roku 1998 po powrocie ze stażu naukowego w UT Southwestern Medical Center w Dallas dr Piotr Widłak został zastępcą kierownika utworzonego w tym czasie w Instytucie Onkologii Zakładu Radiobiologii Doświadczalnej i Klinicznej (kierownikiem Zakładu była doc. Joanna Rzeszowska-Wolny). W trakcie stażu w laboratorium prof. Williama Garrad’a, współpracując z zespołem prof. Xiaodong Wang, dr Widłak uczestniczył w pracach, których wynikiem było odkrycie i wstępne scharakteryzowanie głównej nukleazy apoptotycznej – białka DFF (m.in. praca Liu et al. 1998 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9671700). Badania nad procesami fragmentacji chromatyny i degradacji jąder komórkowych w komórkach ulegających apoptozie, prowadzone we współpracy z prof. Garrad’em z UT Southwestern, były przez szereg lat głównym tematem badawczym zespołu Piotra Widłaka. Badania przeprowadzone przez Zespól umożliwiły dogłębne poznanie mechanizmów działania i regulacji endonukleazy DFF40/CAD i innych aspektów apoptotycznej fragmentacji chromatyny [ publikacje zespołu dotyczące tej tematyki ]. Prowadzone prace były podstawą rozprawy habilitacyjnej Piotra Widłaka (2001), oraz doktoratów Magdaleny Kalinowskiej-Herok (2008) i Jakuba Hanusa (2010).

Drugim głównym tematem prac badawczych zespołu była rola struktury chromatyny w naprawie DNA, oraz białka wiążące się uszkodzonym DNA. Zrealizowane projekty umożliwiły scharakteryzowanie kilku białek chromatyny oddziałujących z uszkodzonym DNA [ publikacje zespołu dotyczące tej tematyki ]. Prowadzone prace były podstawą prac doktorskich Joanny Łanuszewskiej (2005) i Moniki Pietrowskiej (2005).

Zespół w roku 2006; od lewej: Jakub Hanus, Magdalena Kalinowska-Herok, Lucyna Ponge, Piotr Widłak, Joanna Łanuszewska, Katarzyna Szołtysek, Izabela Kołodziejczyk, Monika Pietrowska
Zespół w roku 2006; od lewej: Jakub Hanus, Magdalena Kalinowska-Herok, Lucyna Ponge, Piotr Widłak, Joanna Łanuszewska, Katarzyna Szołtysek, Izabela Kołodziejczyk, Monika Pietrowska

Aktualna działalność zespołu

Obecnie głównym obszarem zainteresowań zespołu Prof. Widłaka jest proteomika kliniczna. Prowadzone badania mają na celu scharakteryzowanie i identyfikację białek i peptydów, a także innych cząsteczek biologicznych, o potencjalnej wartości dla molekularnej diagnostyki i klasyfikacji chorób nowotworowych. Prowadzone projekty dotyczą proteomu i metabolomu krwi i tkanek nowotworowych. Pierwszym przedmiotem zainteresowań Zespołu w tym obszarze tematycznym była możliwość wykorzystania składników proteomu surowicy do klasyfikacji i wczesnego wykrywania nowotworów. W projektach wykorzystywany był materiał pobrany od pacjentów z nowotworami piersi, płuc, prostaty, żołądka oraz regionu głowy i szyi. Analizowany jest również wpływ promieniowania jonizującego na zmiany proteomu i metabolomu surowicy pacjentów poddanych radioterapii (badania prowadzone między innymi w ramach europejskiego projektu OPERRA-VIBRATO). Innym tematem badań prowadzonych przez Zespół w obszarze proteomiki klinicznej jest profilowanie proteomu i metabolomu tkanki nowotworowej na potrzeby klasyfikacji podtypów molekularnych nowotworów (np. raka tarczycy). Zespół wdrożył również metodę obrazowania molekularnego MALDI-MSI. Metoda ta jest wykorzystywana między innymi w badaniach molekularnej heterogenności nowotworów [ publikacje zespołu dotyczące tej tematyki proteomiki klinicznej ]. Projekty wykorzystujące narzędzia proteomiki i spektrometrii mas prowadzone są w ścisłej współpracy ze statystykami i bioinformatykami z Politechniki Śląskiej w Gliwicach (zespoły prof. Joanny Polańskiej i prof. Andrzeja Polańskiego), oraz z zespołem prof. Macieja Stobieckiego i dr Łukasza Marczaka z Instytutu Chemii Bioorganiczej PAN w Poznaniu. Prace prowadzone w tej dziedzinie były podstawą rozprawy habilitacyjnej Moniki Pietrowskiej (2014) oraz pracy doktorskiej Małgorzaty Roś-Mazurczyk (2017).

Zespół w roku 2011; od lewej: Karol Jelonek, Katarzyna Szołtysek, Patryk Janus, Magdalena Kalinowska-Herok, Iwona Domińczyk, Agnieszka Gdowicz-Kłosok, Sylwia Drzewiecka, Anna Walaszczyk, Monika Pietrowska, Piotr Widłak, Lucyna Ponge.
Zespół w roku 2011; od lewej: Karol Jelonek, Katarzyna Szołtysek, Patryk Janus, Magdalena Kalinowska-Herok, Iwona Domińczyk, Agnieszka Gdowicz-Kłosok, Sylwia Drzewiecka, Anna Walaszczyk, Monika Pietrowska, Piotr Widłak, Lucyna Ponge.

Kolejny obszar zainteresowań zespołu Prof. Widłaka to molekularne mechanizmy odpowiedzi komórek na czynniki stresu, w tym odpowiedź komórek na promieniowanie jonizujące. Obecnie prowadzone są badania mające na celu scharakteryzowanie współzależności miedzy szlakami przekazywania sygnału zależnymi od czynników transkrypcyjnych HFS1, NF- κB i p53 [ publikacje zespołu dotyczące tej tematyki ]. Ta tematyka badawcza prowadzona jest we współpracy z biomatematykami z Politechniki Śląskiej w Gliwicach (zespół prof. Andrzeja Świerniaka) oraz z Rice University w Houston (zespół prof. Marka Kimmla). Prowadzone prace były podstawą prac doktorskich Katarzyny Szołtysek (2012) i Patryka Janusa (2013). Innym tematem prowadzonych badań jest kardiotoksyczne działanie promieniowania jonizującego. Badania te zainicjowane zostały w ramach współpracy z europejskim konsorcjum CARDIORISK , a uzyskane wyniki były podstawą pracy doktorskiej Karola Jelonka (2011) i Anny Walaszczyk (2014).

Obecnie do obszaru zainteresowań badawczych zespołu doszła również tematyka dotycząca egzosomów jako cząsteczek uczestniczący w przekazywaniu sygnału biologicznego. Badania te zostały wprowadzona przez Prof. Monikę Pietrowską i są prowadzone we współpracy z Prof. Teresą Whiteside (Pittsburgh University) [ publikacje zespołu dotyczące tej tematyki ]. Prowadzone prace były m.in. wykorzystane w pracach doktorskich Agaty Abramowicz (2019) i Mateusz Smolarza.

Zespół w roku 2016; od góry z lewej strony: Piotr Widłak, Agata Abramowicz, Iwona Domińczyk, Marta Gawin, Monika Pietrowska, Patryk Janus, Magdalena Kalinowska-Herok, Lucyna Ponge, Karol Jelonek, Małgorzata Roś-Mazurczyk, Katarzyna Szołtysek, Anna Walaszczyk, Wojciech Pigłowski, Anna Wojakowska.
Zespół w roku 2016; od góry z lewej strony: Piotr Widłak, Agata Abramowicz, Iwona Domińczyk, Marta Gawin, Monika Pietrowska, Patryk Janus, Magdalena Kalinowska-Herok, Lucyna Ponge, Karol Jelonek, Małgorzata Roś-Mazurczyk, Katarzyna Szołtysek, Anna Walaszczyk, Wojciech Pigłowski, Anna Wojakowska.

Zespół Proteomiki Klinicznej opiekuje się Laboratorium Spektrometrii Mas. Laboratorium wykorzystuje szereg platform badawczych (m.in. systemy MALDI-ToF, ESI-Q-ToF, ESI-Orbitrap sprzężone z systemami HPLC i NanoLC) umożliwiających prowadzenie szerokiego spektrum badań proteomicznych i metabolomicznych. Aparatura została zakupiona w ramach projektu inwestycyjnego  Śląska BIOFARMA oraz dotacji Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego na stworzenie Laboratorium Badań nad Strukturą i Funkcją Egzosomów.

Zespół w roku 2020; od góry z lewej strony: Piotr Widłak, Monika Pietrowska, Marta Gawin, Karol Jelonek, Katarzyna Szołtysek, Agata Abramowicz, Agata Kurczyk, Lucyna Ponge, Mateusz Smolarz, Gracjana Zając.
Zespół w roku 2020; od góry z lewej strony: Piotr Widłak, Monika Pietrowska, Marta Gawin, Karol Jelonek, Katarzyna Szołtysek, Agata Abramowicz, Agata Kurczyk, Lucyna Ponge, Mateusz Smolarz, Gracjana Zając.

Zespół w roku 2022; od góry z lewej strony: Monika Pietrowska, Marta Gawin, Karol Jelonek, Agata Kurczyk, Mateusz Smolarz, Katarzyna Szołtysek, Łukasz Skoczylas, Katarzyna Mrowiec, Aneta Żebrowska, Gracjana Zając, Lucyna Ponge, Piotr Widłak

Zespół

prof. dr hab. Piotr Widłakprofesor zwyczajnypiotr.widlak@io.gliwice.pl+48 32 278 9672
dr hab. Monika Pietrowskaprofesor NIOmonika.pietrowska@io.gliwice.pl+48 32 278 9627
dr Marta Gawinadiunktmarta.gawin@io.gliwice.pl+48 32 278 9627
dr Karol Jelonekadiunktkarol.jelonek@io.gliwice.pl+48 32 278 9627
dr Katarzyna Szołtysekadiunktkatarzyna.szoltysek@io.gliwice.pl+48 32 278 9625
dr Agata Kurczykadiunktagata.kurczyk@io.gliwice.pl+48 32 278 9627
dr n. med. Mateusz Smolarzasystentmateusz.smolarz@io.gliwice.pl+48 32 278 9628
Lucyna Pongest. techniklucyna.ponge@io.gliwice.pl+48 32 278 9628
mgr inż. Katarzyna Mrowiecdoktorantkatarzyna.mrowiec@io.gliwice.pl+48 32 278 9628
mgr Gracjana Zającdoktorantgracjana.zajac@io.gliwice.pl+48 32 278 9628
mgr Łukasz Skoczylasdoktorantlukasz.skoczylas@io.gliwice.pl+48 32 278 9627
mgr Aneta Żebrowskadoktorant-wolontariuszaneta.zebrowska@io.gliwice.pl+48 32 278 9627

Publikacje Naukowe

2022

Zając G, Rusin M, Łasut-Szyszka B, Puszyński K, Widłak P (2022): Activation of the atypical NF-κB pathway induced by ionizing radiation is not affected by the p53 status. Acta Biochim Pol. 69(1):205-210. doi: 10.18388/abp.2020_5942.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35130377/

Zebrowska A, Jelonek K, Mondal S, Gawin M, Mrowiec K, Widłak P, Whiteside T, Pietrowska M (2022): Proteomic and Metabolomic Profiles of T Cell-Derived Exosomes Isolated from Human Plasma. Cells 2022 Jun 18;11(12):1965. doi: 10.3390/cells11121965.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35741093/

Strybel U, Marczak L, Zeman M, Polanski K, Mielańczyk Ł, Klymenko O, Samelak-Czajka A, Jackowiak P, Smolarz M, Chekan M, Zembala-Nożyńska E, Widlak P, Pietrowska M, Wojakowska A (2022): Molecular Composition of Serum Exosomes Could Discriminate Rectal Cancer Patients with Different Responses to Neoadjuvant Radiotherapy. Cancers (Basel) 14(4):993. doi: 10.3390/cancers14040993.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35205741/

Smolarz M, Skoczylas Ł, Gawin M, Krzyżowska M, Pietrowska M, Widłak P (2022): Radiation-Induced Bystander Effect Mediated by Exosomes Involves the Replication Stress in Recipient Cells. Int J Mol Sci. 2022 Apr 10;23(8):4169. doi: 10.3390/ijms23084169.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35456987/

2021

Jelonek K, Krzywon A, Papaj K, Polanowski P, Szczepanik K, Skladowski K, Widlak P (2021): Dose-dependence of radiotherapy-induced changes in serum levels of choline-containing phospholipids; the importance of lower doses delivered to large volumes of normal tissues. Strahlenther Onkol. 2021 Jun 29 (Epub ahead of print).

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34185114/

Widłak P, Jelonek K, Kurczyk A, Żyła J, Sitkiewicz M, Bottoni E, Veronesi G, Polańska J, Rzyman W (2021): Serum Metabolite Profiles in Participants of Lung Cancer Screening Study; Comparison of Two Independent Cohorts. Cancers 13(11):2714.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34072693/

Smolarz M, Kurczyk A, Jelonek K, Żyła J, Mielańczyk Ł, Sitkiewicz M, Pietrowska M, Polańska J, Rzyman W, Widłak P (2021): The Lipid Composition of Serum-Derived Small Extracellular Vesicles in Participants of a Lung Cancer Screening Study. Cancers 13(14):3414.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34298629/

Smolarz M, Widlak P (2021): Serum Exosomes and Their miRNA Load-A Potential Biomarker of Lung Cancer. Cancers. 2021 Mar 18;13(6):1373. doi: 10.3390/cancers13061373.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33803617/

Pietrowska M, Zebrowska A, Gawin M, Marczak L, Sharma P, Mondal S, Mika J, Polańska J, Ferrone S, Kirkwood JM, Widlak P, Whiteside TL (2021): Proteomic profile of melanoma cell-derived small extracellular vesicles in patients' plasma: a potential correlate of melanoma progression. J Extracell Vesicles 10:e12063.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33613873/

2020

Wojakowska A, Zebrowska A, Skowronek A, Rutkowski T, Polanski K, Widlak P, Marczak L, Pietrowska M (2020): Metabolic profiles of whole serum and serum-derived exosomes are different in head and neck cancer patients treated by radiotherapy. Pers Med. 10(4):229, doi: 10.3390/jpm10040229.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33203021/

Kurczyk A, Gawin M, Chekan M, Wilk A, Łakomiec K, Mrukwa G, Frątczak K, Polanska J, Fujarewicz K, Pietrowska M, Widlak P (2020): Classification of Thyroid Tumors Based on Mass Spectrometry Imaging of Tissue Microarrays; a Single-Pixel Approach. Int J Mol Sci. 2020; 21: 6289.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32878024/

Wojakowska A, Pietrowska M, Widlak P, Dobrowolski D, Wylęgała E, Tarnawska D (2020): Metabolomic Signature Discriminates Normal Human Cornea from Keratoconus-A Pilot GC/MS Study. Molecules 25: 2933.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32630577/

Jelonek K, Krzywon A, Jablonska P, Slominska EM, Smolenski RT, Polanska J, Rutkowski T, Mrochem-Kwarciak J, Skladowski K, Widlak P (2020): Systemic Effects of Radiotherapy and Concurrent Chemo-Radiotherapy in Head and Neck Cancer Patients-Comparison of Serum Metabolome Profiles. Metabolites 10: E60.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32046123/

Bocian A, Ciszkowicz E, Hus KK, Buczkowicz J, Lecka-Szlachta K, Pietrowska M, Petrilla V, Petrillova M, Legáth Ľ, Legáth J (2020): Antimicrobial Activity of Protein Fraction from Naja ashei Venom Against Staphylococcus epidermidis. Molecules 25: 293.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31936872/

Gadher SJ, Widlak P, Kovarova H (2020): Power of Proteomics and Progress in Precision Medicine – 13th Central and Eastern European Proteomic Conference (CEEPC), Ustroń, Poland. Expert Rev Proteomics 17: 335-40.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32510255/

Wilk A, Gawin M, Frątczak K, Widłak P, Fujarewicz K. On Stability of Feature Selection Based on MALDI Mass Spectrometry Imaging Data and Simulated Biopsy. In: Korbicz J., Maniewski R., Patan K., Kowal M. (eds) Current Trends in Biomedical Engineering and Bioimages Analysis. PCBEE 2019. Advances in Intelligent Systems and Computing, 2020; vol 1033; Springer, Cham.

https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-030-29885-2_8

Abramowicz A, Łabaj W, Mika J, Szołtysek K, Ślęzak-Prochazka I, Mielańczyk Ł, Story MD, Pietrowska M, Polański A, Widłak P (2020): MicroRNA profile of exosomes and parental cells is differently affected by ionizing radiation. Radiat Res. 194: 133-42.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32383628/

Żebrowska A, Widlak P, Whiteside T, Pietrowska M (2020): Signaling of Tumor-Derived sEV Impacts Melanoma Progression. Int J Mol Sci. 21: E5066.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32709086/

Abramowicz A, Story MD (2020): The Long and Short of It: The Emerging Roles of Non-Coding RNA in Small Extracellular Vesicles. Cancers 12(6):1445.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32498257/

Janus P, Mrowiec K, Vydra N, Widłak P, Toma-Jonik A, Korfanty J, Smolarczyk R, Widłak W (2020): PHLDA1 does not contribute directly to heat shock-induced apoptosis of spermatocytes. Int J Mol Sci. 21: 267.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31906015

2019

Gawin M, Kurczyk A, Stobiecka E, Frątczak K, Polańska J, Pietrowska M, Widłak P (2019): Molecular Heterogeneity of Papillary Thyroid Cancer: Comparison of Primary Tumors and Synchronous Metastases in Regional Lymph Nodes by Mass Spectrometry Imaging. Endocr Pathol. 30: 250-62.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31664609

Bednarczyk K, Gawin M, Chekan M, Kurczyk A, Mrukwa G, Pietrowska M, Polanska J, Widlak P (2019): Discrimination of normal oral mucosa from oral cancer by mass spectrometry imaging of proteins and lipids. J Mol Histol. 50: 1-10.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30390197

Pietrowska M, Wlosowicz A, Gawin M, Widlak P (2019): MS-Based Proteomic Analysis of Serum and Plasma: Problem of High Abundant Components and Lights and Shadows of Albumin Removal. Adv Exp Med Biol. 1073: 57-76.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31236839

Abramowicz A, Wojakowska A, Marczak L, Lysek-Gladysinska M, Smolarz M, Story MD, Polanska J, Widlak P, Pietrowska M (2019): Ionizing radiation affects the composition of the proteome of extracellular vesicles released by head-and-neck cancer cells in vitro. J Radiat Res. 60: 289-97.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30805606

Ludwig S, Marczak L, Sharma P, Abramowicz A, Gawin M, Widlak P, Whiteside TL, Pietrowska M (2019): Proteomes of exosomes from HPV(+) or HPV(-) head and neck cancer cells: differential enrichment in immunoregulatory proteins. OncoImmunology 8: e1593808.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31143515

Smolarz M, Pietrowska M, Matysiak N, Mielańczyk Ł, Widłak P (2019): Proteome Profiling of Exosomes Purified from a Small Amount of Human Serum: The Problem of Co-Purified Serum Components. Proteomes 7: E18.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31035355

Abramowicz A, Widłak P, Pietrowska M (2019): Different Types of Cellular Stress Affect the Proteome Composition of Small Extracellular Vesicles: A Mini Review. Proteomes 7: E23.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31126168

Zebrowska A, Skowronek A, Wojakowska A, Widlak P, Pietrowska M (2019): Metabolome of Exosomes: Focus on Vesicles Released by Cancer Cells and Present in Human Body Fluids. Int J Mol Sci. 20: E3461.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31337156

Balázs K, Kis E, Badie C, Bogdándi EN, Candéias S, Garcia LC, Dominczyk I, Frey B, Gaipl U, Jurányi Z, Kocsis ZS, Rutten EA, Sáfrány G, Widlak P, Lumniczky K (2019): Radiotherapy-Induced Changes in the Systemic Immune and Inflammation Parameters of Head and Neck Cancer Patients. Cancers (Basel) 11: E1324.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31500214

2018

Jelonek K, Widłak P (2018): Metabolome-based biomarkers: their potential role in the early detection of lung cancer. Contemp Oncol ( 22: 135-40.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30455584

Wojakowska A, Cole LM, Chekan M, Bednarczyk K, Maksymiak M, Oczko-Wojciechowska M, Jarząb B, Clench MR, Polańska J, Pietrowska M, Widlak P (2018): Discrimination of papillary thyroid cancer from non-cancerous thyroid tissue based on lipid profiling by mass spectrometry imaging. Endokrynol Pol69: 2-8.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29492952

Polanski A, Marczyk M, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J (2018): Initializing the EM algorithm for univariate Gaussian, multi-component, heteroscedastic mixture models by dynamic programming partitions. Int J Comput Methods 15: e1850012.

https://www.worldscientific.com/doi/10.1142/S0219876218500123

Abramowicz A, Marczak L, Wojakowska A, Zapotoczny S, Whiteside TL, Widlak P, Pietrowska M (2018): Harmonization of exosome isolation from culture supernatants for optimized proteomics analysis. PLoS One 13: e0205496.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30379855

Szołtysek K, Janus P, Zając G, Stokowy T, Walaszczyk A, Widłak W, Wojtaś B, Gielniewski B, Cockell S, Perkins ND, Kimmel M, Widlak P (2018): RRAD, IL4I1, CDKN1A, and SERPINE1 genes are potentially co-regulated by NF-κB and p53 transcription factors in cells exposed to high doses of ionizing radiation. BMC Genomics19: 813.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30419821

Janus P, Szołtysek K, Zając G, Stokowy T, Walaszczyk A, Widłak W, Wojtaś B, Gielniewski B, Iwanaszko M, Braun R, Cockell S, Perkins ND, Kimmel M, Widlak P (2018): Pro-inflammatory cytokine and high doses of ionizing radiation have similar effects on the expression of NF-kappaB-dependent genes. Cell Signal46: 23-31.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29476964

Cruz-Garcia L, O’Brien G, Donovan E, Gothard L, Boyle S, Laval A, Testard I, Ponge L, Woźniak G, Miszczyk L, Candéias SM, Ainsbury E, Widlak P, Somaiah N, Badie C (2018): Influence of Confounding Factors on Radiation Dose Estimation Using In Vivo Validated Transcriptional Biomarkers. Health Phys115: 90-101.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29787434

Wieczorek A, Lysek-Gladysinska M, Walaszczyk A, Jelonek K, Smolarz M, Pietrowska M, Gabrys D, Kulik R, Widlak P (2018):Changes in activity and structure of lysosomes from liver of mouse irradiated in vivo. Int J Radiat Biol94: 443-453.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29611442

Walaszczyk A, Szołtysek K, Jelonek K, Polańska J, Dörr W, Haagen J, Widłak P, Gabryś D (2018): Heart irradiation reduces microvascular density and accumulation of HSPA1 in mice. Strahlenther Onkol194: 235-42.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29063166

Lysek-Gladysinska M, Wieczorek A, Walaszczyk A, Jelonek K, Jozwik A, Pietrowska M, Dörr W, Gabrys D, Widlak P (2018): Long-term effects of low-dose mouse liver irradiation involve ultrastructural and biochemical changes in hepatocytes that depend on lipid metabolism. Radiat Environ Biophys57: 123-32.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29470638

O’Brien G, Cruz-Garcia L, Majewski M, Grepl J, Abend M, Port M, Tichý A, Sirak I, Malkova A, Donovan E, Gothard L, Boyle S, Somaiah N, Ainsbury E, Ponge L, Slosarek K, Miszczyk L, Widlak P, Green E, Patel N, Kudari M, Gleeson F, Vinnikov V, Starenkiy V, Artiukh S, Vasyliev L, Zaman A, Badie C (2018): FDXR is a biomarker of radiation exposure in vivo. Sci Rep8: 684.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29330481

Korfanty J, Stokowy T, Chadalski M, Toma-Jonik A, Vydra N, Widłak P, Wojtaś B, Gielniewski B, Widlak W (2018): SPEN protein expression and interactions with chromatin in mouse testicular cells. Reproduction156: 195-206.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29880719

2017

Gawin M, Wojakowska A, Pietrowska M, Marczak Ł, Chekan M, Jelonek K, Lange D, Jaksik R, Gruca A, Widłak P (2017): Proteome profiles of different types of thyroid cancers. Mol Cell Endocrinol.  472: 68-79.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29183805

Pietrowska M, Diehl HC, Mrukwa G, Kalinowska-Herok M, Gawin M, Chekan M, Elm J, Drazek G, Krawczyk A, Lange D, Meyer HE, Polanska J, Henkel C, Widlak P (2017): Molecular profiles of thyroid cancer subtypes: Classification based on features of tissue revealed by mass spectrometry imaging. Biochim Biophys Acta1865: 837-45.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27760391

Roś-Mazurczyk M, Wojakowska A, Marczak Ł, Polański K, Pietrowska M, Jelonek K, Domińczyk I, Hajduk A, Rutkowski T, Składowski K, Widłak P (2017): Ionizing radiation affects profile of serum metabolites: increased level of 3-hydroxybutyric acid in serum of cancer patients treated with radiotherapy. Acta Biochim Pol64: 189-93.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27815965

Jelonek K, Pietrowska M, Widlak P (2017): Systemic effects of ionizing radiation at the proteome and metabolome levels in the blood of cancer patients treated with radiotherapy: the influence of inflammation and radiation toxicity. Int J Radiat Biol93: 683-96.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28281355

Roś-Mazurczyk M, Jelonek K, Marczyk M, Binczyk F, Pietrowska M, Polanska J, Dziadziuszko R, Jassem J, Rzyman W, Widlak P (2017): Serum lipid profile discriminates patients with early lung cancer from healthy controls. Lung Cancer 112: 69-74.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29191603

Roś-Mazurczyk M, Wojakowska A, Marczak Ł, Polański K, Pietrowska M, Polanska J, Dziadziuszko R, Jassem J, Rzyman W, Widlak P (2017): Panel of serum metabolites discriminates cancer patients and healthy participants of lung cancer screening – a pilot study. Acta Biochim Pol64: 513-8.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28803255

Walaszczyk A, Pietrowska M, Wojakowska A, Abramowicz A, Chmura A, Masłyk B, Rodziewicz P, Polańska J, Behrendt K, Nowicka E, Tarnawski R, Widłak P (2017): Therapy-related changes in serum proteome patterns of early stage breast cancer patients with different outcome. Protein Pept Lett24: 37-45.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29366405/

Pietrowska M, Funk S, Gawin M, Marczak Ł, Abramowicz A, Widłak P, Whiteside T (2017): Isolation of exosomes for the purpose of protein cargo analysis with the use of mass spectrometry. Methods Mol Biol1654: 291-307.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28986800

Szoltysek K, Walaszczyk A, Janus P, Kimmel M, Widlak P (2017): Irradiation with UV-C inhibits TNF-α-dependent activation of the NF-κB pathway in a mechanism potentially mediated by reactive oxygen species. Genes Cells22: 45-58.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27976481

2016

Roś-Mazurczyk M, Jelonek K, Pietrowska M, Zagdański A, Suchwałko A, Jastrząb T, Polańska J, Chawińska E, Majewski W, Domińczyk I, Rutkowski T, Miszczyk L, Składowski K, Widłak P (2016): Radiotherapy-induced changes in serum lipid profile of patients with prostate or head and neck cancer. J J Rad Oncol3(2): 030.

Widlak P, Pietrowska M, Polanska J, Marczyk M, Ros-Mazurczyk M, Dziadziuszko R, Jassem J, Rzyman W (2016): Serum mass profile signature as a biomarker of early lung cancer. Lung Cancer 99: 46-52.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27565913

Pietrowska M, Gawin M, Polańska J, Widłak P (2016): Tissue fixed with formalin and processed without paraffin embedding is suitable for imaging of both peptides and lipids by MALDI-IMS. Proteomics 16: 1670-7.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27001204

Widlak P, Mrukwa G, Kalinowska M, Pietrowska M, Chekan M, Wierzgon J, Gawin M, Drazek G, Polanska J (2016): Detection of molecular signatures of oral squamous cell carcinoma and normal epithelium – application of a novel methodology for unsupervised segmentation of imaging mass spectrometry data. Proteomics 16: 1613-21.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27168173

Szymańska K, Pietrowska M, Kocurek J, Maresz K, Koreniuk A, Mrowiec-Białoń J, Widłak P, Magner E, Jarzębski A (2016): Low back-pressure hierarchically structured multichannel microfluidic bioreactors for rapid protein digestion – proof of concept. Chem Eng J287: 148-54.

http://dx.doi.org/10.1016/j.cej.2015.10.120

Gadher SJ, Marczak Ł, Łuczak M, Stobiecki M, Widlak P, Kovarova H (2016): Proteomic landscape in Central and Eastern Europe: the 9th Central and Eastern European Proteomic Conference, Poznań, Poland. Expert Rev Proteomics13: 5-7.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26558656

Liśkiewicz AD, Kasprowska D, Wojakowska A, Polański K, Lewin-Kowalik J, Kotulska K, Jędrzejowska-Szypułka H (2016): Long-term high fat ketogenic diet promotes renal tumor growth in a rat model of tuberoussclerosis. Sci Rep6: 21807.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26892894

Tóth E, Vékey K, Ozohanics O, Jekő A, Dominczyk I, Widlak P, Drahos L (2016): Changes of protein glycosylation in the course of radiotherapy. J Pharm Biomed Anal118: 380-6.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26609677

Jelonek K, Pietrowska M, Widłak P (2016): Główne zmiany proteomu i metabolomu surowicy obserwowane w krwi osób poddanych radioterapii dotyczą wskaźników stanu zapalnego i odpowiedzi immunologicznej odzwierciedlających systemową toksyczność promieniowania jonizującego. Onkologia I Radioterapia 3, 24-29

Jelonek K, Widlak P, Pietrowska M (2016): The Influence of Ionizing Radiation on Exosome Composition, Secretion and Intercellular Communication. Protein Pept Lett23: 656-63.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27117741

Abramowicz A, Widlak P, Pietrowska M (2016): Proteomic analysis of exosomal cargo: the challenge of high purity vesicle isolation. Mol Biosyst12: 1407-19.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27030573

Jonak K, Kurpas M, Szoltysek K, Janus P, Abramowicz A, Puszynski K (2016): A novel mathematical model of ATM/p53/NF- κB pathways points to the importance of the DDR switch-off mechanisms. BMC Syst Biol. 10: 75.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27526774

2015

Abramowicz A, Wojakowska A, Gdowicz-Klosok A, Polanska J, Rodziewicz P, Polanowski P, Namysl-Kaletka A, Pietrowska M, Wydmanski J, Widlak P (2015): Identification of serum proteome signatures of locally advanced and metastatic gastric cancer: a pilot study. J Transl Med13: e304.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26376850

Pietrowska M, Jelonek K, Polanska J, Wojakowska A, Marczak L, Chawinska E, Chmura A, Majewski W, Miszczyk L, Widlak P (2015): Partial-body irradiation in patients with prostate cancer treated with IMRT has little effect on the composition of serum proteome. Proteomes 3: 117-31.

http://www.mdpi.com/2227-7382/3/3/117

Polanski A, Marczyk M, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J (2015): Signal partitioning algorithm for highly efficient Gaussian Mixture Modeling in mass spectrometry. PLoS One 10: e0134256.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26230717

Widłak P, Jelonek K, Wojakowska M, Pietrowska M, Polanska J, Marczak L, Miszczyk L, Składowski K (2015): Serum proteome signature of radiation response: upregulation of inflammation-related factors, and downregulation of apolipoproteins and coagulation factors in cancer patients subjected to radiotherapy – a pilot study. Int J Radiat Oncol Biol Phys. 92: 1108-15.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26031365

Wojakowska A, Chekan M, Marczak Ł, Polanski K, Lange D, Pietrowska M, Widlak P (2015): Detection of metabolites discriminating subtypes of thyroid cancer: molecular profiling of FFPE samples using the GC/MS approach. Mol Cell Endocrinol417: 149-57.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26415588

Wojakowska A, Chekan M, Widłak P, Pietrowska M (2015): Application of metabolomics in thyroid cancer research. Int J Endocrinol2015: 258763.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25972898

Wojakowska A, Marczak Ł, Jelonek K, Polanski K, Widlak P, Pietrowska M (2015): An optimized method of metabolite extraction from formalin-fixed paraffin-embedded tissue for GC/MS analysis. PLoS One 10: e0136902.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26348873

Jelonek K, Wojakowska A, Marczak L, Muer A, Tinhofer-Keilholz I, Lysek-Gladysinska M, Widlak P, Pietrowska M (2015): Ionizing radiation affects protein composition of exosomes secreted in vitro from head and neck squamous cell carcinoma. Acta Biochim Pol62: 265-72.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26098714

Janus P, Stokowy T, Jaksik R, Szoltysek K, Handschuh L, Podkowinski J, Widlak W, Kimmel M, Widlak P (2015): Cross talk between cytokine and hyperthermia-induced pathways: identification of different subsets of NF-κB-dependent genes regulated by TNFα and heat shock. Mol Genet Genomics 290: 1979-90.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25944781

Toma-Jonik A, Widlak W, Korfanty J, Cichon T, Smolarczyk R, Gogler-Piglowska A, Widlak P, Vydra N (2015): Active heat shock transcription factor 1 supports migration of the melanoma cells via vinculin down-regulation. Cell Signal27: 394-401.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25435429

Gramatyka M, Widłak P (2015): Neither resveratrol nor metformin protects human cardiomyocytes against toxicity of epirubicin and radiation in-vitro. Medical Science 17(67):1-10.

http://discoveryjournals.com/medicalscience/current_issue/v17/n67/A1.pdf

2014

Pietrowska M, Jelonek K, Michalak M, Roś M, Rodziewicz P, Chmielewska K, Polański K, Polańska J, Gdowicz-Kłosok A, Giglok M, Suwiński R, Tarnawski R, Dziadziuszko R, Rzyman W, Widłak P (2014): Identification of serum proteome components associated with progression of non-small cell lung cancer. Acta Biochim Pol61: 325-31.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24872961

Jelonek K, Pietrowska M, Roś M, Zagdański A, Suchwałko A, Polańska J, Marczyk M, Rutkowski T, Składowski K, Clench MR, Widlak P (2014): Radiation-induced changes in serum lipidome of head and neck cancer patients. Int J Mol Sci15: 6609-24.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24747595

Korfanty J, Stokowy T, Widlak P, Gogler-Piglowska A, Handschuh L, Podkowiński J, Vydra N, Naumowicz A, Toma-Jonik A, Widlak W (2014): Crosstalk between HSF1 and HSF2 during the heat shock response in mouse testes. Int J Biochem Cell Biol57: 76-83.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25450459

Widłak P, Gramatyka M, Kimmel M (2014): Crosstalk between stress-induced NF-κB, p53 and HSF1 signaling pathways – review. Preprints of the 19th World Congress of the International Federation of Automatic Control: 11518-11523.

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1474667016434476

2013

Widłak P, Pietrowska M, Polańska J, Rutkowski T, Jelonek K, Kalinowska-Herok M, Gdowicz-Kłosok A, Wygoda A, Tarnawski R, Składowski K (2013): Radiotherapy-related changes in serum proteome patterns of head and neck cancer patients; the effect of low and medium doses of radiation delivered to large volumes of normal tissue. J Transl Med11: 299.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24304975

Kalinowska-Herok M, Pietrowska M, Walaszczyk A, Widlak P (2013): MALDI Imaging Mass Spectrometry – A Novel Approach in Biomedical Research of Tissues. Curr Proteomics 10(2): 76-82.

http://www.eurekaselect.com/article/54801

Jelonek K, Roś M, Pietrowska M, Widłak P (2013): Cancer biomarkers and mass spectrometry-based analyses of phospholipids in body fluids. Clin Lipidol8: 137-50.

https://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.2217/clp.12.79

Kalinowska-Herok M, Roś M, Widłak P. (2013): Molekularne marginesy guza nowotworowego. Nowotwory – J. Oncol63: 28-34.

2012

Pietrowska M, Widłak P (2012): MALDI-MS-based profiling of serum proteome: detection of changes related to progression of cancer and response to anticancer treatment. Int J Proteomics 2012: 926427.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22900176

Pietrowska M, Polańska J, Suwiński R, Wideł M, Rutkowski T, Marczyk M, Marczak L, Polański A, Widłak P (2012): Comparison of peptide cancer signatures identified by mass spectrometry in serum of patients with head and neck, lung, and colorectal cancers. Int J Oncol40: 48-156.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21894432

2011

Pietrowska M, Polańska J, Walaszczyk A, Wygoda A, Rutkowski T, Składowski K, Marczak L, Stobiecki M, Marczyk M, Polański A, Widłak P (2011): Association between plasma proteome profiles analysed by mass spectrometry, a lymphocyte-based DNA-break repair assay and radiotherapy-induced acute mucosal reaction in head and neck cancer patients. Int J Radiat Biol87: 711-9.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21351848

Widłak P, Pietrowska M, Wojtkiewicz K, Rutkowski T, Wygoda A, Marczak L, Marczyk M, Polańska J, Walaszczyk A, Domińczyk I, Składowski K, Stobiecki M, Polański A (2011): Radiation-related changes in serum proteome profiles detected by mass spectrometry in blood of patients treated with radiotherapy due to larynx cancer. J Radiat Res52: 575-81.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21768750

Hanus J, Jelonek K, Pietrowska P (2011): Wykorzystanie spektrometrii mas do analizy modyfikacji nukleotydów i adduktów DNA. Wiadomości Chemiczne 65: 191-205.

http://yadda.icm.edu.pl/baztech/element/bwmeta1.element.baztech-article-BUS8-0017-0008

Chmura A, Deja R, Mrochem-Kwarciak J, Masłyk B, Polańska J, Pietrowska M, Ponge L, Behrendt K, Nowicka E, Tarnawski R, Widłak P (2011): Analiza zmian stężenia osteopontyny w osoczu krwi chorych leczonych z powodu nisko zaawansowanego raka piersi. Onkologia Info 8: 4-10.

Janus P, Pakuła-Cis M, Kalinowska-Herok M, Kashchak N, Szołtysek K, Pigłowski W, Widłak W, Kimmel M, Widłak P (2011): NF- kappa B signaling pathway is inhibited by heat shock independently of active transcription factor HSF1 and increased levels of inducible heat shock proteins. Genes Cells 16: 1168-75.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22077664

Szołtysek K, Janus P, Widłak (2011): Komórkowa ścieżka sygnałowa zależna od czynnika transkrypcyjnego NF-kB i jej współzależności ze szlakami p53 i HSF1. Postępy Biologii Komórki 38: 159-75.

https://pbkom.eu/pl/content/kom%C3%B3rkowa-%C5%9Bcie%C5%BCka-sygna%C5%82owa-zale%C5%BCna-od-czynnika-transkrypcyjnego-nf-kb-i-jej-wsp%C3%B3%C5%82zale%C5%BCno%C5%9Bci

Jelonek K, Walaszczyk A, Gabryś D, Pietrowska M, Kanthou C, Widłak P (2011): Cardiac endothelial cells isolated from mouse heart – a novel model for radiobiology. Acta Biochim Polon58: 397-404.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21887413

Piccinni E, Chełstowska A, Hanus J, Widłak P , Loreti S, Tata AM, Augusti-Tocco G, Bianchi MM, Negri R (2011): Direct interaction of Gas41 and Myc encoded by amplified genes in nervous system tumours. Acta Biochim Polon58: 529-34.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22068108

2010

Pietrowska M, Polańska J, Marczak Ł, Behrendt K, Nowicka E, Stobiecki M, Polański A, Tarnawski R, Widłak P (2010): Mass spectrometry-based analysis of therapy-related changes in serum proteome patterns of patients with early stage breast cancer. J Translat Med8: e66.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20618994

Pietrowska M, Marczak Ł, Polańska J, Nowicka E, Behrendt K, Tarnawski R, Stobiecki M, Polański A, Widłak P (2010): Optimizing of MALDI-ToF-based low-molecular-weight serum proteome pattern analysis in detection of breast cancer patients; the effect of albumin removal on classification performance. Neoplasma 57: 537-44.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20845992

Wojtkiewicz K, Marczyk M, Polańska J, Polański A, Marczak Ł, Stobiecki M, Pietrowska M, Domińczyk I, Behrendt K, Nowicka E, Tarnawski R, Widłak P (2010): Wykorzystanie spektrometrii mas do analizy proteomu surowicy chorych na raka piersi. Onkologia Info 7: 40-7.

Hanus J, Kalinowska-Herok M, Widłak P (2010): Identification of novel putative regulators of the major apoptotic nuclease DNA Fragmentation Factor. Acta Biochim Polon. 57: 521-527.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21152448

Jelonek K, Gdowicz-Kłosok A, Pietrowska P, Borkowska M, Korfanty J, Rzeszowska-Wolny J, Widłak P (2010): Association between single-nucleotide polymorphisms of selected genes involved in the response to DNA damage and risk of colon, head and neck, and breast cancers in a Polish population. J Appl Genet51: 343-352.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20720310

2009

Pietrowska M, Marczak Ł, Polańska J, Behrendt K, Nowicka E, Walaszczyk A, Chmura A, Deja R, Stobiecki M, Polański A, Tarnawski R, Widłak P (2009): Mass spectrometry-based serum proteome pattern analysis in molecular diagnostics of early stage breast cancer. J Translat Med7: e60.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19594898

Pietrowska M (2009): Tumor markers studied with proteomic methods in blood and serum plasma. Biotechnologia 2009(2): 39-53.

http://rcin.org.pl/Content/72113/POZN271_94520_biotechnologia-2009-no2-pietrowska.pdf

Plechawska M, Polańska J, Polański A, Pietrowska M, Tarnawski R , Widłak P, Stobiecki M, Marczak Ł (2009): Analyze of MALDI-TOF Proteomic Spectra with Usage of Mixture of Gaussian Distributions. (in:) Advances in Soft Computing, 2009, Volume 59, Man-Machine Interactions (eds. KA Cyran, S Kozielski, JF Peters, U Stanczyk, A Wakulicz-Deja), pp. 113-120

https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-642-00563-3_11

Widłak P, Garrard WT (2009): Roles of the major apoptotic nuclease – DNA Fragmentation Factor – in biology and disease. Cell Mol Life Sci66: 263-74.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18810317

Walaszczyk A, Pietrowska M (2009): Kardiotoksyczność promieniowania jonizującego. w: Na Pograniczu Chemii i Biologii, tom. XXII, str. 347-369. Wyd. UAM, Poznań.

2008

Szołtysek K, Pietranek K, Kalinowska-Herok M, Pietrowska M, Kimmel M, Widłak P (2008): TNF a -induced activation of NF kappa B protects against UV-induced apoptosis specifically in p53-proficient cells. Acta Biochim Pol55: 741-8.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19023456

Kalinowska-Herok M, Widłak P (2008): High Mobility Group proteins stimulate DNA cleavage by apoptotic endonuclease DFF40/CAD due to HMG-box interactions with DNA. Acta Biochim Pol55: 21-6.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18239742

Hanus J, Kalinowska-Herok M, Widłak P (2008): The major apoptotic endonuclease DFF40/CAD is a deoxyribose-specific and double-strand-specific enzyme. Apoptosis 13: 377-82.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18283539

2007

Polańska J, Widłak P, Rzeszowska-Wolny J, Kimmel M, Polański A (2007): Gaussian mixture decomposition of time-course DNA microarray data. w: Mathematical Modeling of Biological Systems: Cellular Biophysics, Regulatory Network, Development, Biomedicine, and Data Analysis, volume I, ed. A. Deutsch; Birkhäuser& Springer, Cambridge, str.: 351-359.

https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-0-8176-4558-8_31

Pietrowska M, Marczak Ł, Widłak P (2007): Proteomika kliniczna – wykorzystanie metod spektrometrii mas do analizy proteomu surowicy krwi w diagnostyce chorób nowotworowych. w: Na Pograniczu Chemii i Biologii, tom. XVII, str. 93-109. Wyd. UAM, Poznań.

Widłak W, Vydra N, Malusecka E, Dudaladava V, Winiarski B, Ścieglinska D, Widłak P (2007): Heat shock transcription factor 1 down-regulates spermatocyte-specific 70 kDa heat shock protein expression prior to the induction of apoptosis in mouse testes. Genes Cells 12: 487-99.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17397396

Xiao F, Widłak P, Garrard WT (2007): Engineered apoptotic nucleases for chromatin research. Nucl Acids Res35, e93.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17626049

Horak S, Olejek A, Widłak P (2007): Sperm DNA adducts impair fertilization during ICSI but not during IVF. Folia Histochem Cytobiol45, suppl. 1: S99-S104.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18292844

2006

Vydra N, Małusecka E, Jarząb M, Lisowska K, Głowala-Kosińska M, Benedykt K, Widłak P, Krawczyk Z, Widłak W (2006): Spermatocyte-specific expression of constitutively active heat shock factor 1 induces HSP70i-resistant apoptosis in male germ cells. Cell Death Differ13: 212-22.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16151457

Sikora E, Bielak-Żmijewska A, Magalska A, Piwocka K, Mosieniak G, Kalinowska M, Widłak P, Cymerman IA, Bujnicki JM (2006): Curcumin induces caspase-3-dependent apoptotic pathway but inhibits DNA fragmentation factor 40/caspase-activated DNase endonuclease in human Jurkat cells. Mol Cancer Ther5: 927-34.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16648563

Widłak P, Garrard WT (2006): The apoptotic endonuclease DFF40/CAD is inhibited by RNA, heparin and other polyanions. Apoptosis 11: 1331-7.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16699957

Widłak P, Garrard WT (2006): Unique features of the apoptotic endonuclease DFF40/CAD relative to micrococcal nuclease as a structural probe for chromatin. Biochem Cell Biol84: 405-410.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16936813

Widłak P, Pietrowska M, Łanuszewska J (2006): The role of chromatin proteins in DNA damage recognition and repair. Histochem Cell Biol125: 119-26.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16163486

Pietrowska M, Kołodziejczyk I, Widłak P (2006): Mitochondrial transcription factor A is the major protein in rodent hepatocytes that recognizes DNA lesions induced by N-acetoxy-acetylaminofluorene. Acta Biochim Polon53: 777-82.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17143337

Liu Z, Widłak P, Zou Y, Xiao F, Oh M, Li S, Chang MY, Shay JW, Garrard WT (2006): A recombination silencer that specifies heterochromatin positioning and Ikaros association in the immunoglobulin k locus. Immunity 24: 405-15.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16618599

2005

Widłak P, Garrard WT (2005): Discovery, regulation, and action of the major apoptotic nucleases DFF40/CAD and endonuclease G. J Cell Biochem94: 1078-87.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15723341

Widłak P, Kalinowska M , Parseghian MH, Lu X, Hansen JC, Garrard WT (2005): The histone H1 C-terminal domain binds to the apoptotic nuclease, DNA Fragmentation Factor (DFF40/CAD) and stimulates DNA cleavage. Biochemistry 44: 7871-8.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15910001

Kalinowska M, Garncarz W, Pietrowska M, Garrard WT, Widłak P (2005): Regulation of the human apoptotic DNase/RNase EndoG; involvement of Hsp70 and ATP. Apoptosis 10: 821-30.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16133872

Pietrowska M, Widłak P (2005): Characterization of a novel protein that specifically binds to DNA modified by N-acetoxy-acetylaminofluorene and cis -diammine-dichloro-platinum. Acta Biochim Polon52: 867-74.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15940347

Łanuszewska J, Widłak P (2005): Udział białek chromatyny w rozpoznawaniu i naprawie uszkodzeń DNA. w: Na Pograniczu Chemii i Biologii, tom. XII, str. 269-287. Wyd. UAM, Poznań.

Rzeszowska-Wolny J, Polańska J, Pietrowska M, Palyvoda O, Jaworska J, Butkiewicz D, Hancock R (2005): Influence of polymorphisms in DNA repair genes XPD, XRCC1 and MGMT on DNA damage induced by gamma radiation and its repair in lymphocytes in vitro. Radiat Res164: 132-140.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16038584

2004

Łanuszewska J, Widłak P (2004): The truncation of Ku86 in human lymphocytes. Cancer Lett205: 197-205.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15036652

Widłak W, Widłak P (2004): MAR/SAR elements flank the rat hst70 gene transcription unit. Cell Mol Biol Lett9: 123-33.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15048156

Fedorov A, Lukyanov D, Rogoliński J, Widłak P, Podgornaya O, Rzeszowska-Wolny J (2004): The nuclear protein p30 interacts with a nuclear matrix attachment region from the rat genome. Cell Mol Biol Lett. 9: 153-65.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15048159

Widłak P (2004): DNA microarrays, a novel approach in studies of chromatin structure. Acta Biochim Polon51: 1-8.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15094821

Weil MR, Widłak P, Minna JD, Garner HR (2004): Global survey of chromatin accessibility using DNA microarrays. Genome Res14: 1374-81.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15231753

2003

Widłak P, Łanuszewska J, Cary RB, Garrard WT (2003): Subunit structures and stoichiometries of human DFF proteins before and after induction of apoptosis. J Biol Chem278: 26915-22.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12748178

Łanuszewska J, Widłak P (2003): Białka detektorowe rozpoznające pęknięcia nici DNA i ich udział w mechanizmach komórkowej odpowiedzi na stres. Postępy Biochemii 49: 229-38.

https://rcin.org.pl/Content/33428/PDF/WA488_24048_P939_T49-z4-PB.pdf

Horak S, Polańska J, Widłak P (2003): High levels of bulky DNA adducts in human sperm correlate with impaired fertility. Acta Biochim Polon50: 197-203.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12673360

Horak S, Polańska J, Widłak P (2003): Bulky DNA adducts in human sperm: relationship with fertility, semen quality, smoking, and environmental factors. Mutat Res537: 53-65.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12742507

Widłak P, Fujarewicz K (2003): The analysis of chromatin condensation state and transcriptional activity using DNA microarrays. Journal of Medical Informatics and Technologies6: IP13-IP19.

2002

Widłak P, Palyvoda O, Kumala S, Garrard WT (2002): Modeling apoptotic chromatin condensation in normal cell nuclei; requirement for intranuclear mobility and actin involvement. J Biol Chem277: 21683-90.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11927586

Widłak P (2002): Struktura chromatyny a powstawanie i naprawa uszkodzeń DNA. Kosmos 51: 5-12.

https://kosmos.ptpk.org/index.php/Kosmos/article/view/1293/1272

2001

Widłak P, Li LY, Wang X, Garrard WT (2001): Action of recombinant human apoptotic endonuclease G on naked DNA and chromatin substrates; cooperation with exonuclease and DNaseI. J Biol Chem276: 48404-9.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11606588

Widłak P, Garrard WT (2001): Ionic and cofactor requirements for the activity of the apoptotic endonuclease DFF40/CAD. Mol Cell Biochem218: 125-30.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11330826

2000

Widłak P, Li P, Wang X, Garrard W (2000): Cleavage preferences of the apoptotic endonuclease DFF40 (Caspase-activated DNase or Nuclease) on naked DNA and chromatin substrates. J Biol Chem275: 8226-32.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10713148

Widłak P (2000): DFF40/CAD hypersensitive sites are potentially involved in high molecular weight DNA fragmentation during apoptosis. Cell Mol Biol Lett5: 373-9.

http://www.cmbl.org.pl/pdf/Vol5_p373-379.pdf

Widłak P. (2000): The DFF40/CAD endonuclease and its role in apoptosis. Acta Biochim Polon47: 1037-44.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11996094

Widłak P (2000): Mechanizmy fragmentacji DNA i kondensacji chromatyny w komórkach ulegających apoptozie. Postępy Biologii Komórki 27: 583-97.

Łanuszewska J, Cudak A, Rzeszowska-Wolny J, Widłak P (2000): Detection of damage-recognition proteins from human lymphocytes. Acta Biochim Polon47: 443-50.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11051209

Łanuszewska J, Widłak P (2000): High mobility group 1 and 2 proteins bind preferentially to DNA that contains bulky adducts induced by benzo(a)pyrene diol epoxide and N-acetoxy-acetylaminofluorene. Cancer Lett158: 17-25.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10940504

Pietrowska M, Łanuszewska J, Walter Z, Rzeszowska-Wolny J, Widłak P (2000): Detection and characterization of rat protein recognizing DNA damaged by N-acetoxy-acetylaminofluorene. Cell Mol Biol Lett5: 423-31.

http://www.cmbl.org.pl/pdf/Vol5_p423-431.pdf

Widłak P (2000): Białka rozpoznające i wiążące się z uszkodzonym DNA; udział w mechanizmach naprawy DNA i kancerogenezie. Postępy Biochemii 46: 198-206.

http://www.rcin.org.pl/Content/33426/PDF/WA488_24036_P939_T46-z3-PB.pdf

Widłak P (2000): The DNA damage-induced cell cycle checkpoints. J Theor Med2: 273-43.

https://www.hindawi.com/journals/cmmm/2000/836245/

Widłak P (2000): Naprawa dwuniciowych pęknięć DNA indukowanych przez promieniowanie jonizujące. Postępy Higieny I Medycyny Doświadczalnej 54: 133-48.


Projekty Badawcze

PeriodProject IDPrincipal InvestigatorTytuł/Title
2022-2023PAR-20-305Monika Pietrowska in cooperation with UPMC Hillman Cancer Center University of Pittsburgh Cancer Institute (Theresa L.Whiteside)A protein signature of melanoma cell-derived exosomes in plasma as a potential biomarker of disease progression
2021-2022MINIATURA 5
DEC-2021/05/X/NZ7/00797
Marta GawinWykorzystanie obrazowania MALDI-MSI w klasyfikacji molekularnych typów
podścieliska raka jelita grubego
2021-2022MINIATURA 5
DEC-2021/05/X/NZ3/01368
Karol JelonekAktywacja ścieżki NF-κB jako hipotetyczny element mechanizmu „radiation-induced bystander effect”, w którym mediatorem są egzosomy uwalniane przez napromieniowane komórki
2021OPUS 22
2021/43/B/NZ7/02221
Monika Pietrowska in coopeartion with Gdańsk Medical University – project leader and Institute of Bioorganic Chemistry of the Polish Academy of SciencesEgzosomy jako potencjalny biomarker dla monitorowania i prognozowania odrzucania nerki przeszczepionej
2021SONATA 17
2021/43/D/NZ7/03119
Marta Gawin in cooperation with Silesian University of TechnologyIdentyfikacja niskocząsteczkowych związków oraz peptydów o wysokiej aktywności biologicznej obecnych w wydzielinach postembrionalnych form owadów pasożytujących na ranach otwartych
2021-2025NCN 2020/39/O/NZ4/02838Monika PietrowskaImmunomodulacje właściwości egzosomów uwalniania przez nowotwór do osocza u pacjentów z rakami głowy i szyi zależnymi i niezależnymi od wirusa HPV.
Immunomodulatory properties of tumor-derived exosomes from plasma of patients with HPV-dependet and HPV-independent dead and neck cancer.
2018-2022NCN2019/34/H/NZ7/00503 Norway GrantsPiotr Widłak in cooperation with Silesian University of Technology and  Gdańsk Medical UniversityWykorzystanie profilu metabolitów surowicy w ocenie ryzyka zachorowania na raka piersi. Serum metabolome profiling in breast cancer risk assessment (SEMPRA). https://sempra.io.gliwice.pl/
2017-2022NCN2016/23/B/NZ4/03901Piotr WidłakZwiązek heterogenności guzów litych z mechanizmami tworzenia przerzutów i prognozą wyników leczenia; analiza wykorzystująca obrazowanie molekularne metodą MALDI-MSIIntratumor heterogeneity and its role in cancer progression and prognosis; a study based on molecular imaging of cancer by MALDI-MSI
2017-2022NCN 2016/22/M/NZ5/00667Monika Pietrowska in cooperation with Pittsburgh UniversityMolekularny profil egzosomów wydzielanych przez komórki nowotworowe w osoczu pacjentów z rozpoznaniem czerniakaMolecular profiling of tumor-derived exosomes in plasma of patients with melanoma
2016-2021NCN2015/17/B/NZ5/01387Krzysztof Składowski in cooperation with Ist Clinics of Radiotherapy and Chemotherapy (COG)Identyfikacja biomarkerów indywidualnej skuteczności i toksyczności radiochemioterapii u chorych na raka regionu głowy i szyi za pomocą modelu kojarzącego profil kliniczny chorego i profilowanie metabolomiczne krwi technikami NMR i MSIdentification of biomarkers of individual radiochemotherapy toxicity and efficacy in patients with head and neck cancer based on a model combining clinical patient data and metabolomic blood profiling with NMR and MS
2015-2020NCBiRDZP/PBS3/247184/ 2014Piotr Widłakin cooperation with Gdańsk Medical University – project leaderMOLTEST_BIS – Walidacja molekularnych sygnatur wczesnego wykrywania raka płuca w grupie wysokiego ryzyka zachorowania
2018-2019NCN2018/28/T/NZ5/00188Agata AbramowiczScharakteryzowanie proteomu egzosomów uwalnianych z komórek poddanych stresowi genotoksycznemuProteome of exosomes released by cells subjected to genotoxic stress
2014-2019NCN2013/11/B/NZ7/01512Monika PietrowskaProteom, lipidom oraz miRN-om egzosomów uwalnianych z komórek raka głowy i szyi w odpowiedzi na czynniki genotoksyczneProteome, lipidome and miRN-ome of exosomes relased from head and neck cancer cells in response to genotoxic agents
2015-2017FP7/EuroatomOPERRA – 604984 VIBRATOPiotr Widłakin cooperation with CEA, Grenoble, France – project leaderValidation in vivo of immune bioindicators of radiation exposure to use for emergency situations, the determination of health effects and molecular epidemiology
2015-2017NCBiRDZP/PBS3/245247/ 2014Piotr Widłakin cooperation with Silesian University of Technology – project leaderBioTest – Platforma zdalnego testowania hipotez i analizy danych biomedycznych
2014-2017NCN2013/11/N/NZ7/00770Małgorzata RośSkładniki lipidomu surowicy jako potencjalne wczesne markery rozwoju raka płucaComponents of serum lipidome as potential markers for early detection of lung cancer
2013-2017NCN2013/08/M/NZ1/00935Piotr Widłakin cooperation withNeil D. Perkins (University of Newcastle)and Marek Kimmel (Rice University)Współdziałanie ścieżek sygnałowych zależnych od NF-κB i p53 w komórkowej odpowiedzi na czynniki uszkadzajace DNAInterplay between NF-κB and p53-dependent pathways in cellular response to DNA damaging factors.
2013-2017NCN2013/08/S/NZ2/00868Anna WojakowskaWykorzystanie technik spektrometrii mas do profilowania i identyfikacji proteomicznych i metabolomicznych składników guza swoistych dla poszczególnych typów raka tarczycyMass spectrometry-based proteomic and metabolomic profiling of different types of thyroid cancer.
2013-2017NCN2012/07/B/NZ4/01450Piotr WidłakProfilowanie proteomu guza w klasyfikacji raków tarczycy.Proteomic patterns in classification of thyroid cancer
2012-2017NCN2011/03/D/NZ4/03507Magdalena Kalinowska-HerokScharakteryzowanie białek swoistych dla molekularnych marginesów guza nowotworowego za pomocą obrazowania molekularnego Imaging Mass Spectrometry.Characterization of molecular margins of cancer by MALDI imaging mass spectrometry
2013-2016NCN2012/05/N/NZ4/02307Anna WalaszczykIdentyfikacja składników proteomu surowicy związanych z ryzykiem wczesnego rozsiewu raka piersiIdentification of serum proteome components associated with risk of early metastasis of breast cancer
2013-2016NCN2012/05/B/NZ2/01618Marek Kimmelin cooperation with Silesian University of TechnologyBioinformatyczne i biofizyczne modele sekwencji DNA wiążących NF-kappaB: przewidywanie lokalizacji miejsc wiązania w genomach i ich weryfikacja doświadczalna, oraz analiza ko-ewolucji z rodziną białek NF-kappaB.Bioinformatics and biophysical models of NF-kappaB binding sites in DNA: genomewide prediction of binding sites, experimental confirmation and co-evolution with the NF-kappaB family
2011-2014NCN2011/01/B/NZ4/03563Piotr WidłakIdentyfikacja cech proteomu surowicy człowieka odzwierciedlających ekspozycję na promieniowanie jonizująceIdentification of serum proteome features reflecting exposure of humans to ionizing radiation
2011-2013MNiSWN401 563740Piotr Widłakdoctoral grant of Patryk JanusAnaliza wpływu czynnika transkrypcyjnego HSF1 na ścieżkę sygnałową zależną od NFBAnalysis of interference between HSF1 transcription factor and NFB-dependent pathway.
2011-2016MNiSWN402 685640Dorota Gabryśin cooperation with Department of Radiotherapy (COG)Analiza toksycznego działania promieniowania jonizującego i antracyklin na układ sercowo-naczyniowy.Analysis of cardiotoxicity of ionizing radiation and anthracyclines
2010-2013MNiSWPOIG.01.01.02-20-080/09 (2A)Monika Pietrowskain cooperation with Gdańsk Medical University – project leaderOpracowanie molekularnych testów wspomagających wykrywanie wczesnego raka płuca – MOLTEST 2013. (Identyfikacja profilu białek surowicy krwi swoistego dla osób z rakiem płuc w niskim stopniu zaawansowania klinicznego).Molecular tests supporting early detection of lung cancer – MOLTEST2013. (Serum proteome mass profiles specific for low grade lung cancer).
2010-2013MNiSWN402 4503 39Piotr WidłakPróba identyfikacji markerów promieniowrażliwości za pomocą analizy profilu masowego proteomu surowicy krwi u chorych leczonych promieniami z powodu nowotworów głowy i szyi.Identification of radiosensitivity markers in serum proteome of patients with head and neck cancer treated with radical radiotherapy.
2010-2013MNiSWN402 3506 38Rafał Tarnawskiin cooperation with 3rd Clinics of Radiotherapy (COG)Analiza proteomiczna surowicy krwi w celu wczesnego rozpoznania i optymalizacji leczenia chorych na niedrobnokomórkowego raka płuca.Analysis of serum proteome for early detection and optimizing of treatment of non-small cell lung cancer patients.