Pracownia Proteomiki Klinicznej

Zespół kierowany przez prof. Piotra Widłaka i dr hab. Monikę Pietrowską

Główne kierunki badań

•  Zastosowanie spektrometrii mas do identyfikacji i weryfikacji nowych markerów proteomicznych i metabolomicznych o potencjalnym znaczeniu w molekularnej diagnostyce chorób nowotworowych.

•  Rola pecherzyków wydzielania pozakomórkowego w komunikacji miedzy komórkami.

•  Komórkowa odpowiedź na stres i regulacja szlaków przekazywania sygnału indukowanych przez promieniowanie i inne czynniki uszkadzające DNA

Słowa kluczowe:
proteomika; metabolomika; spektrometria mas; obrazowanie MALDI; proteom surowicy krwi; biomarkery; sygnalizacja komórkowa; odpowiedź na stres; regulacja ekspresji genów; promieniowanie jonizujące; małe pęcherzyki zewnątrzkomórkowe, onkoimmunologia

---

Zespół

prof. dr hab. Piotr Widłak	profesor zwyczajny	piotr.widlak@gliwice.nio.gov.pl	Gdański Uniwersytet Medyczny
dr hab. Monika Pietrowska	profesor NIO	monika.pietrowska@gliwice.nio.gov.pl	+48 32 278 9672
dr n. chem. Marta Gawin	adiunkt	marta.gawin@gliwice.nio.gov.pl	+48 32 278 9627
dr n. med. Karol Jelonek	adiunkt	karol.jelonek@gliwice.nio.gov.pl	+48 32 278 9627
dr n. med. Katarzyna Szołtysek	adiunkt	katarzyna.szoltysek@gliwice.nio.gov.pl	St. Jude Children’s Research Hospital, Memphis, USA
dr n. biomed. Daria Kania	asystent	daria.kania@gliwice.nio.gov.pl	+48 32 278 9627
dr n. med. Mateusz Smolarz	biotechnolog	mateusz.smolarz@gliwice.nio.gov.pl	Akademia Wychowania Fizycznego im. Jerzego Kukuczki w Katowicach
mgr inż. Maciej Ciebiada	doktorant	maciej.ciebiada@gliwice.nio.gov.pl	+48 32 278 9628
mgr Aneta Żebrowska	biolog	aneta.zebrowska@gliwice.nio.gov.pl	+48 32 278 9672
mgr Kinga Karoń	doktorantka	kinga.karon@gliwice.nio.gov.pl	+48 32 278 9627

---

Współpraca naukowa

Adres:

Theresa L. Whiteside, PhD, MDHC
Professor of Pathology, Immunology and Otolaryngology
UPMC Hillman Cancer Center
University of Pittsburgh Cancer Institute
5117 Centre Avenue
Pittsburgh, PA 15213, U.S.A.

Działalność:

Laboratorium prof. Theresy L. Whiteside zlokalizowane jest w Hillman Cancer Center Uniwersytetu w Pittsburghu. Prof. Whiteside jest liderem grupy badaczy (pracowników i stażystów podoktorskich) prowadzących badania nad określeniem roli egzosomów uwalnianych z nowotworów (ang. tumor-derived egzosomes, TEX) w promowaniu wzrostu guza. Laboratorium prowadzi badania przedkliniczne i kliniczne mające na celu określenia mechanizmów wykorzystywanych przez TEX do tłumienia funkcji komórek odpornościowych i pośredniczenia w działaniach pronowotworowych. We współpracy z zespołem prof. Moniki Pietrowskiej w Gliwicach prowadzone są analizy proteomiczne w celu scharakteryzowania profili białkowych TEX izolowanych z osocza pacjentów chorujących na nowotwory głowy i szyi oraz czerniaka, a także w celu ustalenia korelacji między profilem białkowym TEX, a ich zdolnością do pośredniczenia w supresji immunologicznej i progresji nowotworu. Dotychczasowa współpraca umożliwiła zidentyfikowanie profilu białkowego egzosomów uwalnianych z komórek czerniaka w celu odróżnienia pacjentów chorujących na ten rodzaj nowotworu od pacjentów zdrowych, a także udało się rozróżnić profile białkowe egzosomów uwalnianych z komórek czerniaka u pacjentów z postępującą chorobą od tych, które występowały u pacjentów po leczeniu i niewykazujących obecności śladów choroby. Wyniki wspomnianych badań zostały opublikowane w czołowym czasopiśmie dotyczącym badań egzosomów Journal of Extracellular Vesicles w 2021 roku. Badania nad TEX są kontynuowane i zostały rozszerzone o egzosomy izolowane z osocza pacjentów chorujących na inne rodzaje nowotworów. Przypuszczamy, że TEX mogą zostać użyte w płynnej biopsji i stać się biomarkerem progresji nowotworu oraz skuteczności leczenia onkologicznego. Wspólne badania z prof. Pietrowską są wspierane przez granty Narodowego Instytutu Zdrowia NIH oraz Departamentu Obrony Stanów Zjednoczonych.

Adres:

Priv.-Doz.  Dr. rer. nat. Jadwiga Jablonska, PhD
Head Translational Oncology
Department of Otorhinolaryngology
University Hospital Essen
Hufelandstrasse 55
45127 Essen, Germany

Działalność:

Tematem badań jest biologia i aktywność neutrofili w kontekście leczenia nowotworów, a głównym celem jest opracowanie nowej immunoterapii celowanej opartej o wykorzystanie neutrofili.

Neutrofile są najliczniejszą populacją leukocytów krążących w ludzkiej krwi, które odgrywają kluczową rolę w pierwszej linii obrony przed infekcjami bakteryjnymi. Komórki te posiadają unikalne mechanizmy zwalczania patogenów. W przeszłości neutrofile były przeważnie pomijane w badaniach nad nowotworami ze względu na ich wysoce wyspecjalizowane funkcje w antybakteryjnej odpowiedzi immunologicznej. Obecnie komórki te uznawane są za niezwykle wszechstronne pod względem funkcjonalnym oraz za ważny czynnik wpływający na rozwój nowotworów.

Neutrofile odgrywają istotną rolę w procesie nowotworzenia indukowanego stanem zapalnym, stanowiąc tym samym niezależny marker prognostyczny w różnych rodzajach nowotworów. W zależności od rodzaju cytokin obecnych w środowisku neutrofile naciekające guz mogą charakteryzować się różnym fenotypem, tj. promującym lub hamującym rozwój nowotworu. Co ważne, zmiany w aktywności neutrofili mogą wpływać na zmianę predyspozycji gospodarza do rozwoju nowotworów, ponieważ komórki te mają zdolność do wpływania na angiogenezę, wzrost i przerzutowanie nowotworów.

Grupa badawcza skupia się na mechanizmach immunoregulacyjnych zależnych od neutrofili, które są odpowiedzialne za proces nowotworzenia u zwierząt i ludzi. Badane są mechanizmy molekularne związane z polaryzacją, mobilizacją i aktywacją neutrofili, a także złożone interakcje pomiędzy komórkami mieloidalnymi w trakcie stanu zapalnego. Celem badań jest zidentyfikowanie skutecznych metod terapeutycznych ukierunkowanych na funkcje komórek mieloidalnych sprzyjających rozwojowi nowotworu.

Obiektem zainteresować zespołu badawczego jest również badanie biologii neutrofili, ich rozwoju, różnicowania, aktywacji, migracji oraz odpowiedzi na różne czynniki prozapalne w chorobach. Badana jest rola cytokin oraz czynników wzrostowych w regulacji awaryjnej mielopoezy, czynników związanych z naciekaniem neutrofili oraz korelacja pomiędzy aktywacją neutrofili a pojawieniem się choroby. Oceniane są również interakcje pomiędzy neutrofilami i innymi komórkami mieloidalnymi w chorobach nowotworowych, a także w trakcie stanu zapalnego i infekcji.

Adres:

prof. Marie-Nicole Theodoraki
Universitätsklinikum Ulm
Klinik für Hals-Nasen-Ohrenheilkunde und Kopf- und Halschirurgie
Frauensteige 12
89075 Ulm, Germany

Działalność:

Rak głowy i szyi jest nowotworem złośliwym charakteryzującym się intensywną produkcją czynników immunosupresyjnych w mikrośrodowisku guza. Zespół prof. Theodoraki bada sposób, w jaki egzosomy uwalniane z komórek nowotworowych hamują funkcjonowanie komórek odpornościowych, a także jak modulować immunosupresyjne mikrośrodowisko guza. Egzosomy są pęcherzykami wielkości wirusa, które produkowane są przez każdą komórkę i stanowią efektywną drogę komunikacji międzykomórkowej. Zawierają liczne informacje z komórki, z której zostały uwolnione (DNA, RNA, białka) i mogą je przekazywać do komórki biorcy. Dotychczasowe badania wykazały, że komórki nowotworów głowy i szyi uwalniają stosunkowo więcej egzosomów od innych komórek i przekazują szeroką gamę informacji komórkom odpornościowym, hamując je lub aktywując. Zespół bada również możliwość wykorzystania egzosomów jako płynnych biomarkerów w ocenie progresji choroby i skuteczności leczenia.

Działalność:

Badania zespołu koncentrują się na angiogenezie i modulacji mikrośrodowiska guza poprzez małe pęcherzyki zewnątrzkomórkowe, zwane również egzosomami. Szybko rosnąca liczba publikacji na temat egzosomów i ich roli w progresji nowotworu motywuje do lepszego zrozumienia mechanizmów leżących u podstaw relacji egzosomy-naczynia krwionośne, co może prowadzić do poprawy obecnej diagnostyki, rokowania i leczenia nowotworów. We współpracy z prof. Moniką Pietrowską analizowane są proteomiczne składniki ładunku transportowanego przez egzosomy pochodzące z nowotworów pod kątem ich zdolności do angiogenezy.

Wyposażenie

Publikacje Naukowe

2024

Hus KK, Buczkowicz J, Pietrowska M, Petrilla V, Petrillová M, Legáth J, Litschka-Koen T, Bocian A (2024): Venom diversity in Naja mossambica: Insights from proteomic and immunochemical analyses reveal intraspecific differences. PLoS Negl Trop Dis. 18(4):e0012057. doi: 10.1371/journal.pntd.0012057.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38557658/

Łasut-Szyszka B, Gdowicz-Kłosok A, Małachowska B, Krześniak M, Będzińska A, Gawin M, Pietrowska M, Rusin M (2024): Transcriptomic and proteomic study of cancer cell lines exposed to actinomycin D and nutlin-3a reveals numerous, novel candidates for p53-regulated genes. Chem Biol Interact. 110946. doi: 10.1016/j.cbi.2024.110946.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38460933/

Wojakowska A, Marczak L, Zeman M, Chekan M, Zembala-Nożyńska E, Polanski K, Strugała A, Widlak P, Pietrowska M (2024): Proteomic and metabolomic signatures of rectal tumor discriminate patients with different responses to preoperative radiotherapy. Front Oncol. 14:1323961. doi: 10.3389/fonc.2024.1323961.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38410100/

Welsh JA, Goberdhan DCI, O’Driscoll L, Buzas EI, Blenkiron C, Bussolati B, …, Pietrowska M, …, Théry C, Witwer KW (2024): Minimal information for studies of extracellular vesicles (MISEV2023): From basic to advanced approaches. J Extracell Vesicles 13(2):e12404. doi: 10.1002/jev2.12404.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38326288/

Korecka K, Gawin M, Pastuszka A, Partyka M, Koszutski T, Pietrowska M, Hyla-Klekot L (2024): Proteomics of urinary small extracellular vesicles in early diagnosis of kidney diseases in children-expectations and limitations. Proteomics e2300168. doi: 10.1002/pmic.202300168.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38213025/

Zyla J, Marczyk M, Prazuch W, Sitkiewicz M, Durawa A, Jelitto M, Dziadziuszko K, Jelonek K, Kurczyk A, Szurowska E, Rzyman W, Widłak P, Polanska J (2024): Combining Low-Dose Computer-Tomography-Based Radiomics and Serum Metabolomics for Diagnosis of Malignant Nodules in Participants of Lung Cancer Screening Studies. Biomolecules 14(1):44. doi: 10.3390/biom14010044.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38254644/

2023

Rasouli M, Blair H, Troester S, Szoltysek K, Cameron R, Ashtiani M, Krippner-Heidenreich A, Grebien F, McGeehan G, Zwaan CM, Heidenreich O (2023): The MLL-Menin Interaction is a Therapeutic Vulnerability in NUP98-rearranged AML. Hemasphere 7(8):e935. doi: 10.1097/HS9.0000000000000935.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37520776/

Jelonek K, Mrowiec K, Gabryś D, Widłak P (2023): The Metabolic Footprint of Systemic Effects in the Blood Caused by Radiotherapy and Inflammatory Conditions: A Systematic Review. Metabolites 13(9):1000. doi: 10.3390/metabo13091000.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37755280/

Skoczylas Ł, Gawin M, Fochtman D, Widłak P, Whiteside TL, Pietrowska M. (2023): Immune capture and protein profiling of small extracellular vesicles from human plasma. Proteomics 15:e2300180. doi: 10.1002/pmic.202300180.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37713108/

Mrowiec K, Kurczyk A, Jelonek K, Debik J, Giskeødegård GF, Bathen TF, Widłak P (2023): Association of serum metabolome profile with the risk of breast cancer in participants of the HUNT2 study. Front Oncol. 13:1116806. doi: 10.3389/fonc.2023.1116806.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37007110/

2022

Tirtakusuma R, Szoltysek K, Milne P, Grinev VV, Ptasinska A, Chin PS, Meyer C, Nakjang S, Hehir-Kwa JY, Williamson D, Cauchy P, Keane P, Assi SA, Ashtiani M, Kellaway SG, Imperato MR, Vogiatzi F, Schweighart EK, Lin S, Wunderlich M, Stutterheim J, Komkov A, Zerkalenkova E, Evans P, McNeill H, Elder A, Martinez-Soria N, Fordham SE, Shi Y, Russell LJ, Pal D, Smith A, Kingsbury Z, Becq J, Eckert C, Haas OA, Carey P, Bailey S, Skinner R, Miakova N, Collin M, Bigley V, Haniffa M, Marschalek R, Harrison CJ, Cargo CA, Schewe D, Olshanskaya Y, Thirman MJ, Cockerill PN, Mulloy JC, Blair HJ, Vormoor J, Allan JM, Bonifer C, Heidenreich O, Bomken S (2022): Epigenetic regulator genes direct lineage switching in MLL/AF4 leukemia. Blood 140(17):1875-1890. doi: 10.1182/blood.2021015036.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35839448/

Kurczyk A, Gawin M, Paul P, Chmielik E, Rutkowski T, Pietrowska M, Widłak P (2022): Prognostic Value of Molecular Intratumor Heterogeneity in Primary Oral Cancer and Its Lymph Node Metastases Assessed by Mass Spectrometry Imaging. Molecules 27(17):5458. doi: 10.3390/molecules27175458.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36080226/

Ludwig N, Yerneni SS, Azambuja JH, Pietrowska M, Widłak P, Hinck CS, Głuszko A, Szczepański MJ, Kärmer T, Kallinger I, Schulz D, Bauer RJ, Spanier G, Spoerl S, Meier JK, Ettl T, Razzo BM, Reichert TE, Hinck AP, Whiteside TL (2022): TGFβ+ small extracellular vesicles from head and neck squamous cell carcinoma cells reprogram macrophages towards a pro-angiogenic phenotype. J Extracell Vesicles. 11(12):e12294. doi: 10.1002/jev2.12294.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36537293/

Zając G, Rusin M, Łasut-Szyszka B, Puszyński K, Widłak P (2022): Activation of the atypical NF-κB pathway induced by ionizing radiation is not affected by the p53 status. Acta Biochim Pol. 69(1):205-210. doi: 10.18388/abp.2020_5942.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35130377/

Zebrowska A, Jelonek K, Mondal S, Gawin M, Mrowiec K, Widłak P, Whiteside T, Pietrowska M (2022): Proteomic and Metabolomic Profiles of T Cell-Derived Exosomes Isolated from Human Plasma. Cells;11(12):1965. doi: 10.3390/cells11121965.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35741093/

Strybel U, Marczak L, Zeman M, Polanski K, Mielańczyk Ł, Klymenko O, Samelak-Czajka A, Jackowiak P, Smolarz M, Chekan M, Zembala-Nożyńska E, Widlak P, Pietrowska M, Wojakowska A (2022): Molecular Composition of Serum Exosomes Could Discriminate Rectal Cancer Patients with Different Responses to Neoadjuvant Radiotherapy. Cancers (Basel) 14(4):993. doi: 10.3390/cancers14040993.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35205741/

Smolarz M, Skoczylas Ł, Gawin M, Krzyżowska M, Pietrowska M, Widłak P (2022): Radiation-Induced Bystander Effect Mediated by Exosomes Involves the Replication Stress in Recipient Cells. Int J Mol Sci. 10;23(8):4169. doi: 10.3390/ijms23084169.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35456987/

2021

Ciardullo C, Szoltysek K, Zhou P, Pietrowska M, Marczak L, Willmore E, Enshaei A, Walaszczyk A, Ho JY, Rand V, Marshall S, Hall AG, Harrison CJ, Soundararajan M, Eswaran J (2021): Low BACH2 Expression Predicts Adverse Outcome in Chronic Lymphocytic Leukaemia. Cancers (Basel) 14(1):23. doi: 10.3390/cancers14010023.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35008187/

Jelonek K, Krzywon A, Papaj K, Polanowski P, Szczepanik K, Skladowski K, Widlak P (2021): Dose-dependence of radiotherapy-induced changes in serum levels of choline-containing phospholipids; the importance of lower doses delivered to large volumes of normal tissues. Strahlenther Onkol. 197(10):926-934. doi: 10.1007/s00066-021-01802-4.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34185114/

Widłak P, Jelonek K, Kurczyk A, Żyła J, Sitkiewicz M, Bottoni E, Veronesi G, Polańska J, Rzyman W (2021): Serum Metabolite Profiles in Participants of Lung Cancer Screening Study; Comparison of Two Independent Cohorts. Cancers 13(11):2714.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34072693/

Smolarz M, Kurczyk A, Jelonek K, Żyła J, Mielańczyk Ł, Sitkiewicz M, Pietrowska M, Polańska J, Rzyman W, Widłak P (2021): The Lipid Composition of Serum-Derived Small Extracellular Vesicles in Participants of a Lung Cancer Screening Study. Cancers 13(14):3414.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34298629/

Smolarz M, Widlak P (2021): Serum Exosomes and Their miRNA Load-A Potential Biomarker of Lung Cancer. Cancers. 2021 Mar 18;13(6):1373. doi: 10.3390/cancers13061373.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33803617/

Pietrowska M, Zebrowska A, Gawin M, Marczak L, Sharma P, Mondal S, Mika J, Polańska J, Ferrone S, Kirkwood JM, Widlak P, Whiteside TL (2021): Proteomic profile of melanoma cell-derived small extracellular vesicles in patients’ plasma: a potential correlate of melanoma progression. J Extracell Vesicles 10:e12063.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33613873/

2020

Szoltysek K, Ciardullo C, Zhou P, Walaszczyk A, Willmore E, Rand V, Marshall S, Hall A, J Harrison C, Eswaran J, Soundararajan M (2020): DAP Kinase-Related Apoptosis-Inducing Protein Kinase 2 (DRAK2) Is a Key Regulator and Molecular Marker in Chronic Lymphocytic Leukemia. Int J Mol Sci 21(20):7663. doi: 10.3390/ijms21207663.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33081245/

Wojakowska A, Zebrowska A, Skowronek A, Rutkowski T, Polanski K, Widlak P, Marczak L, Pietrowska M (2020): Metabolic profiles of whole serum and serum-derived exosomes are different in head and neck cancer patients treated by radiotherapy. Pers Med. 10(4):229, doi: 10.3390/jpm10040229.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33203021/

Kurczyk A, Gawin M, Chekan M, Wilk A, Łakomiec K, Mrukwa G, Frątczak K, Polanska J, Fujarewicz K, Pietrowska M, Widlak P (2020): Classification of Thyroid Tumors Based on Mass Spectrometry Imaging of Tissue Microarrays; a Single-Pixel Approach. Int J Mol Sci. 2020; 21: 6289.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32878024/

Wojakowska A, Pietrowska M, Widlak P, Dobrowolski D, Wylęgała E, Tarnawska D (2020): Metabolomic Signature Discriminates Normal Human Cornea from Keratoconus-A Pilot GC/MS Study. Molecules 25: 2933.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32630577/

Jelonek K, Krzywon A, Jablonska P, Slominska EM, Smolenski RT, Polanska J, Rutkowski T, Mrochem-Kwarciak J, Skladowski K, Widlak P (2020): Systemic Effects of Radiotherapy and Concurrent Chemo-Radiotherapy in Head and Neck Cancer Patients-Comparison of Serum Metabolome Profiles. Metabolites 10: E60.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32046123/

Bocian A, Ciszkowicz E, Hus KK, Buczkowicz J, Lecka-Szlachta K, Pietrowska M, Petrilla V, Petrillova M, Legáth Ľ, Legáth J (2020): Antimicrobial Activity of Protein Fraction from Naja ashei Venom Against Staphylococcus epidermidis. Molecules 25: 293.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31936872/

Gadher SJ, Widlak P, Kovarova H (2020): Power of Proteomics and Progress in Precision Medicine – 13th Central and Eastern European Proteomic Conference (CEEPC), Ustroń, Poland. Expert Rev Proteomics 17: 335-40.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32510255/

Wilk A, Gawin M, Frątczak K, Widłak P, Fujarewicz K. On Stability of Feature Selection Based on MALDI Mass Spectrometry Imaging Data and Simulated Biopsy. In: Korbicz J., Maniewski R., Patan K., Kowal M. (eds) Current Trends in Biomedical Engineering and Bioimages Analysis. PCBEE 2019. Advances in Intelligent Systems and Computing, 2020; 1033:82-93.
https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-030-29885-2_8

Abramowicz A, Łabaj W, Mika J, Szołtysek K, Ślęzak-Prochazka I, Mielańczyk Ł, Story MD, Pietrowska M, Polański A, Widłak P (2020): MicroRNA profile of exosomes and parental cells is differently affected by ionizing radiation. Radiat Res. 194: 133-42.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32383628/

Żebrowska A, Widlak P, Whiteside T, Pietrowska M (2020): Signaling of Tumor-Derived sEV Impacts Melanoma Progression. Int J Mol Sci. 21: E5066.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32709086/

Abramowicz A, Story MD (2020): The Long and Short of It: The Emerging Roles of Non-Coding RNA in Small Extracellular Vesicles. Cancers 12(6):1445.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32498257/

Janus P, Mrowiec K, Vydra N, Widłak P, Toma-Jonik A, Korfanty J, Smolarczyk R, Widłak W (2020): PHLDA1 does not contribute directly to heat shock-induced apoptosis of spermatocytes. Int J Mol Sci. 21: 267.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31906015

2019

Gawin M, Kurczyk A, Stobiecka E, Frątczak K, Polańska J, Pietrowska M, Widłak P (2019): Molecular Heterogeneity of Papillary Thyroid Cancer: Comparison of Primary Tumors and Synchronous Metastases in Regional Lymph Nodes by Mass Spectrometry Imaging. Endocr Pathol. 30: 250-62.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31664609

Bednarczyk K, Gawin M, Chekan M, Kurczyk A, Mrukwa G, Pietrowska M, Polanska J, Widlak P (2019): Discrimination of normal oral mucosa from oral cancer by mass spectrometry imaging of proteins and lipids. J Mol Histol. 50: 1-10.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30390197

Pietrowska M, Wlosowicz A, Gawin M, Widlak P (2019): MS-Based Proteomic Analysis of Serum and Plasma: Problem of High Abundant Components and Lights and Shadows of Albumin Removal. Adv Exp Med Biol. 1073: 57-76.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31236839

Abramowicz A, Wojakowska A, Marczak L, Lysek-Gladysinska M, Smolarz M, Story MD, Polanska J, Widlak P, Pietrowska M (2019): Ionizing radiation affects the composition of the proteome of extracellular vesicles released by head-and-neck cancer cells in vitro. J Radiat Res. 60: 289-97.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30805606

Ludwig S, Marczak L, Sharma P, Abramowicz A, Gawin M, Widlak P, Whiteside TL, Pietrowska M (2019): Proteomes of exosomes from HPV(+) or HPV(-) head and neck cancer cells: differential enrichment in immunoregulatory proteins. OncoImmunology 8: e1593808.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31143515

Smolarz M, Pietrowska M, Matysiak N, Mielańczyk Ł, Widłak P (2019): Proteome Profiling of Exosomes Purified from a Small Amount of Human Serum: The Problem of Co-Purified Serum Components. Proteomes 7: E18.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31035355

Abramowicz A, Widłak P, Pietrowska M (2019): Different Types of Cellular Stress Affect the Proteome Composition of Small Extracellular Vesicles: A Mini Review. Proteomes 7: E23.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31126168

Zebrowska A, Skowronek A, Wojakowska A, Widlak P, Pietrowska M (2019): Metabolome of Exosomes: Focus on Vesicles Released by Cancer Cells and Present in Human Body Fluids. Int J Mol Sci. 20: E3461.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31337156

Balázs K, Kis E, Badie C, Bogdándi EN, Candéias S, Garcia LC, Dominczyk I, Frey B, Gaipl U, Jurányi Z, Kocsis ZS, Rutten EA, Sáfrány G, Widlak P, Lumniczky K (2019): Radiotherapy-Induced Changes in the Systemic Immune and Inflammation Parameters of Head and Neck Cancer Patients. Cancers (Basel) 11: E1324.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31500214

2018

Jelonek K, Widłak P (2018): Metabolome-based biomarkers: their potential role in the early detection of lung cancer. Contemp Oncol ( 22: 135-40.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30455584

Wojakowska A, Cole LM, Chekan M, Bednarczyk K, Maksymiak M, Oczko-Wojciechowska M, Jarząb B, Clench MR, Polańska J, Pietrowska M, Widlak P (2018): Discrimination of papillary thyroid cancer from non-cancerous thyroid tissue based on lipid profiling by mass spectrometry imaging. Endokrynol Pol. 69: 2-8.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29492952

Polanski A, Marczyk M, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J (2018): Initializing the EM algorithm for univariate Gaussian, multi-component, heteroscedastic mixture models by dynamic programming partitions. Int J Comput Methods 15: e1850012.
https://www.worldscientific.com/doi/10.1142/S0219876218500123

Abramowicz A, Marczak L, Wojakowska A, Zapotoczny S, Whiteside TL, Widlak P, Pietrowska M (2018): Harmonization of exosome isolation from culture supernatants for optimized proteomics analysis. PLoS One 13: e0205496.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30379855

Szołtysek K, Janus P, Zając G, Stokowy T, Walaszczyk A, Widłak W, Wojtaś B, Gielniewski B, Cockell S, Perkins ND, Kimmel M, Widlak P (2018): RRAD, IL4I1, CDKN1A, and SERPINE1 genes are potentially co-regulated by NF-κB and p53 transcription factors in cells exposed to high doses of ionizing radiation. BMC Genomics. 19: 813.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30419821

Janus P, Szołtysek K, Zając G, Stokowy T, Walaszczyk A, Widłak W, Wojtaś B, Gielniewski B, Iwanaszko M, Braun R, Cockell S, Perkins ND, Kimmel M, Widlak P (2018): Pro-inflammatory cytokine and high doses of ionizing radiation have similar effects on the expression of NF-kappaB-dependent genes. Cell Signal. 46: 23-31.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29476964

Cruz-Garcia L, O’Brien G, Donovan E, Gothard L, Boyle S, Laval A, Testard I, Ponge L, Woźniak G, Miszczyk L, Candéias SM, Ainsbury E, Widlak P, Somaiah N, Badie C (2018): Influence of Confounding Factors on Radiation Dose Estimation Using In Vivo Validated Transcriptional Biomarkers. Health Phys. 115: 90-101.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29787434

Wieczorek A, Lysek-Gladysinska M, Walaszczyk A, Jelonek K, Smolarz M, Pietrowska M, Gabrys D, Kulik R, Widlak P (2018):Changes in activity and structure of lysosomes from liver of mouse irradiated in vivo. Int J Radiat Biol. 94: 443-453.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29611442

Walaszczyk A, Szołtysek K, Jelonek K, Polańska J, Dörr W, Haagen J, Widłak P, Gabryś D (2018): Heart irradiation reduces microvascular density and accumulation of HSPA1 in mice. Strahlenther Onkol. 194: 235-42.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29063166

Lysek-Gladysinska M, Wieczorek A, Walaszczyk A, Jelonek K, Jozwik A, Pietrowska M, Dörr W, Gabrys D, Widlak P (2018): Long-term effects of low-dose mouse liver irradiation involve ultrastructural and biochemical changes in hepatocytes that depend on lipid metabolism. Radiat Environ Biophys. 57: 123-32.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29470638

O’Brien G, Cruz-Garcia L, Majewski M, Grepl J, Abend M, Port M, Tichý A, Sirak I, Malkova A, Donovan E, Gothard L, Boyle S, Somaiah N, Ainsbury E, Ponge L, Slosarek K, Miszczyk L, Widlak P, Green E, Patel N, Kudari M, Gleeson F, Vinnikov V, Starenkiy V, Artiukh S, Vasyliev L, Zaman A, Badie C (2018): FDXR is a biomarker of radiation exposure in vivo. Sci Rep. 8: 684.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29330481

Korfanty J, Stokowy T, Chadalski M, Toma-Jonik A, Vydra N, Widłak P, Wojtaś B, Gielniewski B, Widlak W (2018): SPEN protein expression and interactions with chromatin in mouse testicular cells. Reproduction. 156: 195-206.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29880719

2017

Gawin M, Wojakowska A, Pietrowska M, Marczak Ł, Chekan M, Jelonek K, Lange D, Jaksik R, Gruca A, Widłak P (2017): Proteome profiles of different types of thyroid cancers. Mol Cell Endocrinol.  472: 68-79.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29183805

Pietrowska M, Diehl HC, Mrukwa G, Kalinowska-Herok M, Gawin M, Chekan M, Elm J, Drazek G, Krawczyk A, Lange D, Meyer HE, Polanska J, Henkel C, Widlak P (2017): Molecular profiles of thyroid cancer subtypes: Classification based on features of tissue revealed by mass spectrometry imaging. Biochim Biophys Acta. 1865: 837-45.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27760391

Roś-Mazurczyk M, Wojakowska A, Marczak Ł, Polański K, Pietrowska M, Jelonek K, Domińczyk I, Hajduk A, Rutkowski T, Składowski K, Widłak P (2017): Ionizing radiation affects profile of serum metabolites: increased level of 3-hydroxybutyric acid in serum of cancer patients treated with radiotherapy. Acta Biochim Pol. 64: 189-93.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27815965

Jelonek K, Pietrowska M, Widlak P (2017): Systemic effects of ionizing radiation at the proteome and metabolome levels in the blood of cancer patients treated with radiotherapy: the influence of inflammation and radiation toxicity. Int J Radiat Biol. 93: 683-96.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28281355

Roś-Mazurczyk M, Jelonek K, Marczyk M, Binczyk F, Pietrowska M, Polanska J, Dziadziuszko R, Jassem J, Rzyman W, Widlak P (2017): Serum lipid profile discriminates patients with early lung cancer from healthy controls. Lung Cancer 112: 69-74.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29191603

Roś-Mazurczyk M, Wojakowska A, Marczak Ł, Polański K, Pietrowska M, Polanska J, Dziadziuszko R, Jassem J, Rzyman W, Widlak P (2017): Panel of serum metabolites discriminates cancer patients and healthy participants of lung cancer screening – a pilot study. Acta Biochim Pol. 64: 513-8.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28803255

Walaszczyk A, Pietrowska M, Wojakowska A, Abramowicz A, Chmura A, Masłyk B, Rodziewicz P, Polańska J, Behrendt K, Nowicka E, Tarnawski R, Widłak P (2017): Therapy-related changes in serum proteome patterns of early stage breast cancer patients with different outcome. Protein Pept Lett. 24: 37-45.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29366405/

Pietrowska M, Funk S, Gawin M, Marczak Ł, Abramowicz A, Widłak P, Whiteside T (2017): Isolation of exosomes for the purpose of protein cargo analysis with the use of mass spectrometry. Methods Mol Biol. 1654: 291-307.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28986800

Szoltysek K, Walaszczyk A, Janus P, Kimmel M, Widlak P (2017): Irradiation with UV-C inhibits TNF-α-dependent activation of the NF-κB pathway in a mechanism potentially mediated by reactive oxygen species. Genes Cells. 22: 45-58.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27976481

2016

Roś-Mazurczyk M, Jelonek K, Pietrowska M, Zagdański A, Suchwałko A, Jastrząb T, Polańska J, Chawińska E, Majewski W, Domińczyk I, Rutkowski T, Miszczyk L, Składowski K, Widłak P (2016): Radiotherapy-induced changes in serum lipid profile of patients with prostate or head and neck cancer. J J Rad Oncol. 3(2): 030.

Widlak P, Pietrowska M, Polanska J, Marczyk M, Ros-Mazurczyk M, Dziadziuszko R, Jassem J, Rzyman W (2016): Serum mass profile signature as a biomarker of early lung cancer. Lung Cancer 99: 46-52.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27565913

Pietrowska M, Gawin M, Polańska J, Widłak P (2016): Tissue fixed with formalin and processed without paraffin embedding is suitable for imaging of both peptides and lipids by MALDI-IMS. Proteomics 16: 1670-7.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27001204

Widlak P, Mrukwa G, Kalinowska M, Pietrowska M, Chekan M, Wierzgon J, Gawin M, Drazek G, Polanska J (2016): Detection of molecular signatures of oral squamous cell carcinoma and normal epithelium – application of a novel methodology for unsupervised segmentation of imaging mass spectrometry data. Proteomics 16: 1613-21.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27168173

Szymańska K, Pietrowska M, Kocurek J, Maresz K, Koreniuk A, Mrowiec-Białoń J, Widłak P, Magner E, Jarzębski A (2016): Low back-pressure hierarchically structured multichannel microfluidic bioreactors for rapid protein digestion – proof of concept. Chem Eng J. 287: 148-54.
http://dx.doi.org/10.1016/j.cej.2015.10.120

Gadher SJ, Marczak Ł, Łuczak M, Stobiecki M, Widlak P, Kovarova H (2016): Proteomic landscape in Central and Eastern Europe: the 9th Central and Eastern European Proteomic Conference, Poznań, Poland. Expert Rev Proteomics. 13: 5-7.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26558656

Liśkiewicz AD, Kasprowska D, Wojakowska A, Polański K, Lewin-Kowalik J, Kotulska K, Jędrzejowska-Szypułka H (2016): Long-term high fat ketogenic diet promotes renal tumor growth in a rat model of tuberoussclerosis. Sci Rep. 6: 21807.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26892894

Tóth E, Vékey K, Ozohanics O, Jekő A, Dominczyk I, Widlak P, Drahos L (2016): Changes of protein glycosylation in the course of radiotherapy. J Pharm Biomed Anal. 118: 380-6.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26609677

Jelonek K, Pietrowska M, Widłak P (2016): Główne zmiany proteomu i metabolomu surowicy obserwowane w krwi osób poddanych radioterapii dotyczą wskaźników stanu zapalnego i odpowiedzi immunologicznej odzwierciedlających systemową toksyczność promieniowania jonizującego. Onkologia I Radioterapia 3, 24-29

Jelonek K, Widlak P, Pietrowska M (2016): The Influence of Ionizing Radiation on Exosome Composition, Secretion and Intercellular Communication. Protein Pept Lett. 23: 656-63.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27117741

Abramowicz A, Widlak P, Pietrowska M (2016): Proteomic analysis of exosomal cargo: the challenge of high purity vesicle isolation. Mol Biosyst. 12: 1407-19.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27030573

Jonak K, Kurpas M, Szoltysek K, Janus P, Abramowicz A, Puszynski K (2016): A novel mathematical model of ATM/p53/NF- κB pathways points to the importance of the DDR switch-off mechanisms. BMC Syst Biol. 10: 75.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27526774

2015

Abramowicz A, Wojakowska A, Gdowicz-Klosok A, Polanska J, Rodziewicz P, Polanowski P, Namysl-Kaletka A, Pietrowska M, Wydmanski J, Widlak P (2015): Identification of serum proteome signatures of locally advanced and metastatic gastric cancer: a pilot study. J Transl Med. 13: e304.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26376850

Pietrowska M, Jelonek K, Polanska J, Wojakowska A, Marczak L, Chawinska E, Chmura A, Majewski W, Miszczyk L, Widlak P (2015): Partial-body irradiation in patients with prostate cancer treated with IMRT has little effect on the composition of serum proteome. Proteomes 3: 117-31.
http://www.mdpi.com/2227-7382/3/3/117

Polanski A, Marczyk M, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J (2015): Signal partitioning algorithm for highly efficient Gaussian Mixture Modeling in mass spectrometry. PLoS One 10: e0134256.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26230717

Widłak P, Jelonek K, Wojakowska M, Pietrowska M, Polanska J, Marczak L, Miszczyk L, Składowski K (2015): Serum proteome signature of radiation response: upregulation of inflammation-related factors, and downregulation of apolipoproteins and coagulation factors in cancer patients subjected to radiotherapy – a pilot study. Int J Radiat Oncol Biol Phys. 92: 1108-15.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26031365

Wojakowska A, Chekan M, Marczak Ł, Polanski K, Lange D, Pietrowska M, Widlak P (2015): Detection of metabolites discriminating subtypes of thyroid cancer: molecular profiling of FFPE samples using the GC/MS approach. Mol Cell Endocrinol. 417: 149-57.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26415588

Wojakowska A, Chekan M, Widłak P, Pietrowska M (2015): Application of metabolomics in thyroid cancer research. Int J Endocrinol. 2015: 258763.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25972898

Wojakowska A, Marczak Ł, Jelonek K, Polanski K, Widlak P, Pietrowska M (2015): An optimized method of metabolite extraction from formalin-fixed paraffin-embedded tissue for GC/MS analysis. PLoS One 10: e0136902.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26348873

Jelonek K, Wojakowska A, Marczak L, Muer A, Tinhofer-Keilholz I, Lysek-Gladysinska M, Widlak P, Pietrowska M (2015): Ionizing radiation affects protein composition of exosomes secreted in vitro from head and neck squamous cell carcinoma. Acta Biochim Pol. 62: 265-72.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26098714

Janus P, Stokowy T, Jaksik R, Szoltysek K, Handschuh L, Podkowinski J, Widlak W, Kimmel M, Widlak P (2015): Cross talk between cytokine and hyperthermia-induced pathways: identification of different subsets of NF-κB-dependent genes regulated by TNFα and heat shock. Mol Genet Genomics 290: 1979-90.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25944781

Toma-Jonik A, Widlak W, Korfanty J, Cichon T, Smolarczyk R, Gogler-Piglowska A, Widlak P, Vydra N (2015): Active heat shock transcription factor 1 supports migration of the melanoma cells via vinculin down-regulation. Cell Signal. 27: 394-401.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25435429

Gramatyka M, Widłak P (2015): Neither resveratrol nor metformin protects human cardiomyocytes against toxicity of epirubicin and radiation in-vitro. Medical Science 17(67):1-10.
http://discoveryjournals.com/medicalscience/current_issue/v17/n67/A1.pdf

2014

Pietrowska M, Jelonek K, Michalak M, Roś M, Rodziewicz P, Chmielewska K, Polański K, Polańska J, Gdowicz-Kłosok A, Giglok M, Suwiński R, Tarnawski R, Dziadziuszko R, Rzyman W, Widłak P (2014): Identification of serum proteome components associated with progression of non-small cell lung cancer. Acta Biochim Pol. 61: 325-31.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24872961

Jelonek K, Pietrowska M, Roś M, Zagdański A, Suchwałko A, Polańska J, Marczyk M, Rutkowski T, Składowski K, Clench MR, Widlak P (2014): Radiation-induced changes in serum lipidome of head and neck cancer patients. Int J Mol Sci. 15: 6609-24.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24747595

Korfanty J, Stokowy T, Widlak P, Gogler-Piglowska A, Handschuh L, Podkowiński J, Vydra N, Naumowicz A, Toma-Jonik A, Widlak W (2014): Crosstalk between HSF1 and HSF2 during the heat shock response in mouse testes. Int J Biochem Cell Biol. 57: 76-83.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25450459

Widłak P, Gramatyka M, Kimmel M (2014): Crosstalk between stress-induced NF-κB, p53 and HSF1 signaling pathways – review. Preprints of the 19th World Congress of the International Federation of Automatic Control: 11518-11523.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1474667016434476

2013

Widłak P, Pietrowska M, Polańska J, Rutkowski T, Jelonek K, Kalinowska-Herok M, Gdowicz-Kłosok A, Wygoda A, Tarnawski R, Składowski K (2013): Radiotherapy-related changes in serum proteome patterns of head and neck cancer patients; the effect of low and medium doses of radiation delivered to large volumes of normal tissue. J Transl Med. 11: 299.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24304975

Kalinowska-Herok M, Pietrowska M, Walaszczyk A, Widlak P (2013): MALDI Imaging Mass Spectrometry – A Novel Approach in Biomedical Research of Tissues. Curr Proteomics 10(2): 76-82.
http://www.eurekaselect.com/article/54801

Jelonek K, Roś M, Pietrowska M, Widłak P (2013): Cancer biomarkers and mass spectrometry-based analyses of phospholipids in body fluids. Clin Lipidol. 8: 137-50.
https://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.2217/clp.12.79

Kalinowska-Herok M, Roś M, Widłak P. (2013): Molekularne marginesy guza nowotworowego. Nowotwory – J. Oncol. 63: 28-34.

2012

Pietrowska M, Widłak P (2012): MALDI-MS-based profiling of serum proteome: detection of changes related to progression of cancer and response to anticancer treatment. Int J Proteomics 2012: 926427.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22900176

Pietrowska M, Polańska J, Suwiński R, Wideł M, Rutkowski T, Marczyk M, Marczak L, Polański A, Widłak P (2012): Comparison of peptide cancer signatures identified by mass spectrometry in serum of patients with head and neck, lung, and colorectal cancers. Int J Oncol. 40: 48-156.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21894432

2011

Pietrowska M, Polańska J, Walaszczyk A, Wygoda A, Rutkowski T, Składowski K, Marczak L, Stobiecki M, Marczyk M, Polański A, Widłak P (2011): Association between plasma proteome profiles analysed by mass spectrometry, a lymphocyte-based DNA-break repair assay and radiotherapy-induced acute mucosal reaction in head and neck cancer patients. Int J Radiat Biol. 87: 711-9.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21351848

Widłak P, Pietrowska M, Wojtkiewicz K, Rutkowski T, Wygoda A, Marczak L, Marczyk M, Polańska J, Walaszczyk A, Domińczyk I, Składowski K, Stobiecki M, Polański A (2011): Radiation-related changes in serum proteome profiles detected by mass spectrometry in blood of patients treated with radiotherapy due to larynx cancer. J Radiat Res. 52: 575-81.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21768750

Hanus J, Jelonek K, Pietrowska P (2011): Wykorzystanie spektrometrii mas do analizy modyfikacji nukleotydów i adduktów DNA. Wiadomości Chemiczne 65: 191-205.
http://yadda.icm.edu.pl/baztech/element/bwmeta1.element.baztech-article-BUS8-0017-0008

Chmura A, Deja R, Mrochem-Kwarciak J, Masłyk B, Polańska J, Pietrowska M, Ponge L, Behrendt K, Nowicka E, Tarnawski R, Widłak P (2011): Analiza zmian stężenia osteopontyny w osoczu krwi chorych leczonych z powodu nisko zaawansowanego raka piersi. Onkologia Info 8: 4-10.

Janus P, Pakuła-Cis M, Kalinowska-Herok M, Kashchak N, Szołtysek K, Pigłowski W, Widłak W, Kimmel M, Widłak P (2011): NF- kappa B signaling pathway is inhibited by heat shock independently of active transcription factor HSF1 and increased levels of inducible heat shock proteins. Genes Cells 16: 1168-75.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22077664

Szołtysek K, Janus P, Widłak (2011): Komórkowa ścieżka sygnałowa zależna od czynnika transkrypcyjnego NF-kB i jej współzależności ze szlakami p53 i HSF1. Postępy Biologii Komórki 38: 159-75.
https://pbkom.eu/pl/content/kom%C3%B3rkowa-%C5%9Bcie%C5%BCka-sygna%C5%82owa-zale%C5%BCna-od-czynnika-transkrypcyjnego-nf-kb-i-jej-wsp%C3%B3%C5%82zale%C5%BCno%C5%9Bci

Jelonek K, Walaszczyk A, Gabryś D, Pietrowska M, Kanthou C, Widłak P (2011): Cardiac endothelial cells isolated from mouse heart – a novel model for radiobiology. Acta Biochim Polon. 58: 397-404.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21887413

Piccinni E, Chełstowska A, Hanus J, Widłak P , Loreti S, Tata AM, Augusti-Tocco G, Bianchi MM, Negri R (2011): Direct interaction of Gas41 and Myc encoded by amplified genes in nervous system tumours. Acta Biochim Polon. 58: 529-34.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22068108

2010

Pietrowska M, Polańska J, Marczak Ł, Behrendt K, Nowicka E, Stobiecki M, Polański A, Tarnawski R, Widłak P (2010): Mass spectrometry-based analysis of therapy-related changes in serum proteome patterns of patients with early stage breast cancer. J Translat Med. 8: e66.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20618994

Pietrowska M, Marczak Ł, Polańska J, Nowicka E, Behrendt K, Tarnawski R, Stobiecki M, Polański A, Widłak P (2010): Optimizing of MALDI-ToF-based low-molecular-weight serum proteome pattern analysis in detection of breast cancer patients; the effect of albumin removal on classification performance. Neoplasma 57: 537-44.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20845992

Wojtkiewicz K, Marczyk M, Polańska J, Polański A, Marczak Ł, Stobiecki M, Pietrowska M, Domińczyk I, Behrendt K, Nowicka E, Tarnawski R, Widłak P (2010): Wykorzystanie spektrometrii mas do analizy proteomu surowicy chorych na raka piersi. Onkologia Info 7: 40-7.

Hanus J, Kalinowska-Herok M, Widłak P (2010): Identification of novel putative regulators of the major apoptotic nuclease DNA Fragmentation Factor. Acta Biochim Polon. 57: 521-527.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21152448

Jelonek K, Gdowicz-Kłosok A, Pietrowska P, Borkowska M, Korfanty J, Rzeszowska-Wolny J, Widłak P (2010): Association between single-nucleotide polymorphisms of selected genes involved in the response to DNA damage and risk of colon, head and neck, and breast cancers in a Polish population. J Appl Genet. 51: 343-352.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20720310

2009

Pietrowska M, Marczak Ł, Polańska J, Behrendt K, Nowicka E, Walaszczyk A, Chmura A, Deja R, Stobiecki M, Polański A, Tarnawski R, Widłak P (2009): Mass spectrometry-based serum proteome pattern analysis in molecular diagnostics of early stage breast cancer. J Translat Med. 7: e60.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19594898

Pietrowska M (2009): Tumor markers studied with proteomic methods in blood and serum plasma. Biotechnologia 2009(2): 39-53.
http://rcin.org.pl/Content/72113/POZN271_94520_biotechnologia-2009-no2-pietrowska.pdf

Plechawska M, Polańska J, Polański A, Pietrowska M, Tarnawski R , Widłak P, Stobiecki M, Marczak Ł (2009): Analyze of MALDI-TOF Proteomic Spectra with Usage of Mixture of Gaussian Distributions. (in:) Advances in Soft Computing, 2009, Volume 59, Man-Machine Interactions (eds. KA Cyran, S Kozielski, JF Peters, U Stanczyk, A Wakulicz-Deja), pp. 113-120
https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-642-00563-3_11

Widłak P, Garrard WT (2009): Roles of the major apoptotic nuclease – DNA Fragmentation Factor – in biology and disease. Cell Mol Life Sci. 66: 263-74.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18810317

Walaszczyk A, Pietrowska M (2009): Kardiotoksyczność promieniowania jonizującego. w: Na Pograniczu Chemii i Biologii, tom. XXII, str. 347-369. Wyd. UAM, Poznań.

2008

Szołtysek K, Pietranek K, Kalinowska-Herok M, Pietrowska M, Kimmel M, Widłak P (2008): TNF a -induced activation of NF kappa B protects against UV-induced apoptosis specifically in p53-proficient cells. Acta Biochim Pol. 55: 741-8.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19023456

Kalinowska-Herok M, Widłak P (2008): High Mobility Group proteins stimulate DNA cleavage by apoptotic endonuclease DFF40/CAD due to HMG-box interactions with DNA. Acta Biochim Pol. 55: 21-6.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18239742

Hanus J, Kalinowska-Herok M, Widłak P (2008): The major apoptotic endonuclease DFF40/CAD is a deoxyribose-specific and double-strand-specific enzyme. Apoptosis 13: 377-82.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18283539

2007

Polańska J, Widłak P, Rzeszowska-Wolny J, Kimmel M, Polański A (2007): Gaussian mixture decomposition of time-course DNA microarray data. w: Mathematical Modeling of Biological Systems: Cellular Biophysics, Regulatory Network, Development, Biomedicine, and Data Analysis, volume I, ed. A. Deutsch; Birkhäuser& Springer, Cambridge, str.: 351-359.
https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-0-8176-4558-8_31

Pietrowska M, Marczak Ł, Widłak P (2007): Proteomika kliniczna – wykorzystanie metod spektrometrii mas do analizy proteomu surowicy krwi w diagnostyce chorób nowotworowych. w: Na Pograniczu Chemii i Biologii, tom. XVII, str. 93-109. Wyd. UAM, Poznań.

Widłak W, Vydra N, Malusecka E, Dudaladava V, Winiarski B, Ścieglinska D, Widłak P (2007): Heat shock transcription factor 1 down-regulates spermatocyte-specific 70 kDa heat shock protein expression prior to the induction of apoptosis in mouse testes. Genes Cells 12: 487-99.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17397396

Xiao F, Widłak P, Garrard WT (2007): Engineered apoptotic nucleases for chromatin research. Nucl Acids Res. 35, e93.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17626049

Horak S, Olejek A, Widłak P (2007): Sperm DNA adducts impair fertilization during ICSI but not during IVF. Folia Histochem Cytobiol. 45, suppl. 1: S99-S104.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18292844

2006

Vydra N, Małusecka E, Jarząb M, Lisowska K, Głowala-Kosińska M, Benedykt K, Widłak P, Krawczyk Z, Widłak W (2006): Spermatocyte-specific expression of constitutively active heat shock factor 1 induces HSP70i-resistant apoptosis in male germ cells. Cell Death Differ. 13: 212-22.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16151457

Sikora E, Bielak-Żmijewska A, Magalska A, Piwocka K, Mosieniak G, Kalinowska M, Widłak P, Cymerman IA, Bujnicki JM (2006): Curcumin induces caspase-3-dependent apoptotic pathway but inhibits DNA fragmentation factor 40/caspase-activated DNase endonuclease in human Jurkat cells. Mol Cancer Ther. 5: 927-34.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16648563

Widłak P, Garrard WT (2006): The apoptotic endonuclease DFF40/CAD is inhibited by RNA, heparin and other polyanions. Apoptosis 11: 1331-7.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16699957

Widłak P, Garrard WT (2006): Unique features of the apoptotic endonuclease DFF40/CAD relative to micrococcal nuclease as a structural probe for chromatin. Biochem Cell Biol. 84: 405-410.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16936813

Widłak P, Pietrowska M, Łanuszewska J (2006): The role of chromatin proteins in DNA damage recognition and repair. Histochem Cell Biol. 125: 119-26.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16163486

Pietrowska M, Kołodziejczyk I, Widłak P (2006): Mitochondrial transcription factor A is the major protein in rodent hepatocytes that recognizes DNA lesions induced by N-acetoxy-acetylaminofluorene. Acta Biochim Polon. 53: 777-82.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17143337

Liu Z, Widłak P, Zou Y, Xiao F, Oh M, Li S, Chang MY, Shay JW, Garrard WT (2006): A recombination silencer that specifies heterochromatin positioning and Ikaros association in the immunoglobulin k locus. Immunity 24: 405-15.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16618599

2005

Widłak P, Garrard WT (2005): Discovery, regulation, and action of the major apoptotic nucleases DFF40/CAD and endonuclease G. J Cell Biochem. 94: 1078-87.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15723341

Widłak P, Kalinowska M , Parseghian MH, Lu X, Hansen JC, Garrard WT (2005): The histone H1 C-terminal domain binds to the apoptotic nuclease, DNA Fragmentation Factor (DFF40/CAD) and stimulates DNA cleavage. Biochemistry 44: 7871-8.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15910001

Kalinowska M, Garncarz W, Pietrowska M, Garrard WT, Widłak P (2005): Regulation of the human apoptotic DNase/RNase EndoG; involvement of Hsp70 and ATP. Apoptosis 10: 821-30.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16133872

Pietrowska M, Widłak P (2005): Characterization of a novel protein that specifically binds to DNA modified by N-acetoxy-acetylaminofluorene and cis -diammine-dichloro-platinum. Acta Biochim Polon. 52: 867-74.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15940347

Łanuszewska J, Widłak P (2005): Udział białek chromatyny w rozpoznawaniu i naprawie uszkodzeń DNA. w: Na Pograniczu Chemii i Biologii, tom. XII, str. 269-287. Wyd. UAM, Poznań.

Rzeszowska-Wolny J, Polańska J, Pietrowska M, Palyvoda O, Jaworska J, Butkiewicz D, Hancock R (2005): Influence of polymorphisms in DNA repair genes XPD, XRCC1 and MGMT on DNA damage induced by gamma radiation and its repair in lymphocytes in vitro. Radiat Res. 164: 132-140.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16038584

2004

Łanuszewska J, Widłak P (2004): The truncation of Ku86 in human lymphocytes. Cancer Lett. 205: 197-205.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15036652

Widłak W, Widłak P (2004): MAR/SAR elements flank the rat hst70 gene transcription unit. Cell Mol Biol Lett. 9: 123-33.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15048156

Fedorov A, Lukyanov D, Rogoliński J, Widłak P, Podgornaya O, Rzeszowska-Wolny J (2004): The nuclear protein p30 interacts with a nuclear matrix attachment region from the rat genome. Cell Mol Biol Lett. 9: 153-65.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15048159

Widłak P (2004): DNA microarrays, a novel approach in studies of chromatin structure. Acta Biochim Polon. 51: 1-8.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15094821

Weil MR, Widłak P, Minna JD, Garner HR (2004): Global survey of chromatin accessibility using DNA microarrays. Genome Res. 14: 1374-81.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15231753

2003

Widłak P, Łanuszewska J, Cary RB, Garrard WT (2003): Subunit structures and stoichiometries of human DFF proteins before and after induction of apoptosis. J Biol Chem. 278: 26915-22.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12748178

Łanuszewska J, Widłak P (2003): Białka detektorowe rozpoznające pęknięcia nici DNA i ich udział w mechanizmach komórkowej odpowiedzi na stres. Postępy Biochemii 49: 229-38.
https://rcin.org.pl/Content/33428/PDF/WA488_24048_P939_T49-z4-PB.pdf

Horak S, Polańska J, Widłak P (2003): High levels of bulky DNA adducts in human sperm correlate with impaired fertility. Acta Biochim Polon. 50: 197-203.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12673360

Horak S, Polańska J, Widłak P (2003): Bulky DNA adducts in human sperm: relationship with fertility, semen quality, smoking, and environmental factors. Mutat Res. 537: 53-65.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12742507

Widłak P, Fujarewicz K (2003): The analysis of chromatin condensation state and transcriptional activity using DNA microarrays. Journal of Medical Informatics and Technologies. 6: IP13-IP19.

2002

Widłak P, Palyvoda O, Kumala S, Garrard WT (2002): Modeling apoptotic chromatin condensation in normal cell nuclei; requirement for intranuclear mobility and actin involvement. J Biol Chem. 277: 21683-90.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11927586

Widłak P (2002): Struktura chromatyny a powstawanie i naprawa uszkodzeń DNA. Kosmos 51: 5-12.
https://kosmos.ptpk.org/index.php/Kosmos/article/view/1293/1272

2001

Widłak P, Li LY, Wang X, Garrard WT (2001): Action of recombinant human apoptotic endonuclease G on naked DNA and chromatin substrates; cooperation with exonuclease and DNaseI. J Biol Chem. 276: 48404-9.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11606588

Widłak P, Garrard WT (2001): Ionic and cofactor requirements for the activity of the apoptotic endonuclease DFF40/CAD. Mol Cell Biochem. 218: 125-30.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11330826

2000

Widłak P, Li P, Wang X, Garrard W (2000): Cleavage preferences of the apoptotic endonuclease DFF40 (Caspase-activated DNase or Nuclease) on naked DNA and chromatin substrates. J Biol Chem. 275: 8226-32.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10713148

Widłak P (2000): DFF40/CAD hypersensitive sites are potentially involved in high molecular weight DNA fragmentation during apoptosis. Cell Mol Biol Lett. 5: 373-9.
http://www.cmbl.org.pl/pdf/Vol5_p373-379.pdf

Widłak P. (2000): The DFF40/CAD endonuclease and its role in apoptosis. Acta Biochim Polon. 47: 1037-44.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11996094

Widłak P (2000): Mechanizmy fragmentacji DNA i kondensacji chromatyny w komórkach ulegających apoptozie. Postępy Biologii Komórki 27: 583-97.

Łanuszewska J, Cudak A, Rzeszowska-Wolny J, Widłak P (2000): Detection of damage-recognition proteins from human lymphocytes. Acta Biochim Polon. 47: 443-50.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11051209

Łanuszewska J, Widłak P (2000): High mobility group 1 and 2 proteins bind preferentially to DNA that contains bulky adducts induced by benzo(a)pyrene diol epoxide and N-acetoxy-acetylaminofluorene. Cancer Lett. 158: 17-25.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10940504

Pietrowska M, Łanuszewska J, Walter Z, Rzeszowska-Wolny J, Widłak P (2000): Detection and characterization of rat protein recognizing DNA damaged by N-acetoxy-acetylaminofluorene. Cell Mol Biol Lett. 5: 423-31.
http://www.cmbl.org.pl/pdf/Vol5_p423-431.pdf

Widłak P (2000): Białka rozpoznające i wiążące się z uszkodzonym DNA; udział w mechanizmach naprawy DNA i kancerogenezie. Postępy Biochemii 46: 198-206.
http://www.rcin.org.pl/Content/33426/PDF/WA488_24036_P939_T46-z3-PB.pdf

Widłak P (2000): The DNA damage-induced cell cycle checkpoints. J Theor Med. 2: 273-43.
https://www.hindawi.com/journals/cmmm/2000/836245/

Widłak P (2000): Naprawa dwuniciowych pęknięć DNA indukowanych przez promieniowanie jonizujące. Postępy Higieny I Medycyny Doświadczalnej 54: 133-48.

---

Projekty Badawcze

Okres	Numer projektu	Kierownik projektu	Tytuł
2022-2025	OPUS 23 2022/45/B/NZ5/03510	Monika Pietrowska	Rola białka PDCD6IP z egzosomów osocza w progresji czerniaka The role of PDCD6IP protein from plasma exosomes in progression of melanoma
2022-2023	PAR-20-305	Monika Pietrowska in cooperation with UPMC Hillman Cancer Center University of Pittsburgh Cancer Institute (Theresa L.Whiteside)	A protein signature of melanoma cell-derived exosomes in plasma as a potential biomarker of disease progression
2021-2022	MINIATURA 5 DEC-2021/05/X/NZ7/00797	Marta Gawin	Wykorzystanie obrazowania MALDI-MSI w klasyfikacji molekularnych typów podścieliska raka jelita grubego Application of MALDI mass spectrometry imaging to classification of molecular types of microenvironment of colorectal cancer
2021-2022	MINIATURA 5 DEC-2021/05/X/NZ3/01368	Karol Jelonek	Aktywacja ścieżki NF-κB jako hipotetyczny element mechanizmu „radiation-induced bystander effect”, w którym mediatorem są egzosomy uwalniane przez napromieniowane komórki Activation of the NF-κB pathway as a hypothetical element of the “radiation-induced bystander effect” mediated by exosomes released by irradiated cells.
2021	OPUS 22 2021/43/B/NZ7/02221	Monika Pietrowska in coopeartion with Gdańsk Medical University – project leader and Institute of Bioorganic Chemistry of the Polish Academy of Sciences	Egzosomy jako potencjalny biomarker dla monitorowania i prognozowania odrzucania nerki przeszczepionej Exosomes as a potential biomarker for monitoring and predicting kidney allograft rejection.
2021	SONATA 17 2021/43/D/NZ7/03119	Marta Gawin in cooperation with Silesian University of Technology	Identyfikacja niskocząsteczkowych związków oraz peptydów o wysokiej aktywności biologicznej obecnych w wydzielinach postembrionalnych form owadów pasożytujących na ranach otwartych Identification of low molecular weight compounds and peptides with high biological activity present in maggot secretions, parasitizing open wounds.
2021-2025	NCN 2020/39/O/NZ4/02838	Monika Pietrowska	Immunomodulacje właściwości egzosomów uwalniania przez nowotwór do osocza u pacjentów z rakami głowy i szyi zależnymi i niezależnymi od wirusa HPV. Immunomodulatory properties of tumor-derived exosomes from plasma of patients with HPV-dependet and HPV-independent dead and neck cancer.
2020-2024	NCN2019/34/H/NZ7/00503 Norway Grants	Piotr Widłak (Karol Jelonek from 2022) in cooperation with The Norwegian University of Science and Technology (NTNU) Trondheim, Norway	Wykorzystanie profilu metabolitów surowicy w ocenie ryzyka zachorowania na raka piersi. Serum metabolome profiling in breast cancer risk assessment (SEMPRA). https://sempra.io.gliwice.pl/ www.facebook.com
2017-2022	NCN2016/23/B/NZ4/03901	Piotr Widłak	Związek heterogenności guzów litych z mechanizmami tworzenia przerzutów i prognozą wyników leczenia; analiza wykorzystująca obrazowanie molekularne metodą MALDI-MSI Intratumor heterogeneity and its role in cancer progression and prognosis; a study based on molecular imaging of cancer by MALDI-MSI
2017-2022	NCN 2016/22/M/NZ5/00667	Monika Pietrowska in cooperation with Pittsburgh University	Molekularny profil egzosomów wydzielanych przez komórki nowotworowe w osoczu pacjentów z rozpoznaniem czerniaka Molecular profiling of tumor-derived exosomes in plasma of patients with melanoma
2016-2021	NCN2015/17/B/NZ5/01387	Krzysztof Składowski in cooperation with Ist Clinics of Radiotherapy and Chemotherapy (COG)	Identyfikacja biomarkerów indywidualnej skuteczności i toksyczności radiochemioterapii u chorych na raka regionu głowy i szyi za pomocą modelu kojarzącego profil kliniczny chorego i profilowanie metabolomiczne krwi technikami NMR i MS Identification of biomarkers of individual radiochemotherapy toxicity and efficacy in patients with head and neck cancer based on a model combining clinical patient data and metabolomic blood profiling with NMR and MS
2015-2020	NCBiRDZP/PBS3/247184/ 2014	Piotr Widłak in cooperation with Gdańsk Medical University – project leader	MOLTEST_BIS – Walidacja molekularnych sygnatur wczesnego wykrywania raka płuca w grupie wysokiego ryzyka zachorowania
2018-2019	NCN2018/28/T/NZ5/00188	Agata Abramowicz	Scharakteryzowanie proteomu egzosomów uwalnianych z komórek poddanych stresowi genotoksycznemu Proteome of exosomes released by cells subjected to genotoxic stress
2014-2019	NCN2013/11/B/NZ7/01512	Monika Pietrowska	Proteom, lipidom oraz miRN-om egzosomów uwalnianych z komórek raka głowy i szyi w odpowiedzi na czynniki genotoksyczne Proteome, lipidome and miRN-ome of exosomes relased from head and neck cancer cells in response to genotoxic agents
2015-2017	FP7/EuroatomOPERRA – 604984 VIBRATO	Piotr Widłak in cooperation with CEA, Grenoble, France – project leader	Validation in vivo of immune bioindicators of radiation exposure to use for emergency situations, the determination of health effects and molecular epidemiology
2015-2017	NCBiRDZP/PBS3/245247/ 2014	Piotr Widłak in cooperation with Silesian University of Technology – project leader	BioTest – Platforma zdalnego testowania hipotez i analizy danych biomedycznych
2014-2017	NCN2013/11/N/NZ7/00770	Małgorzata Roś	Składniki lipidomu surowicy jako potencjalne wczesne markery rozwoju raka płuca Components of serum lipidome as potential markers for early detection of lung cancer
2013-2017	NCN2013/08/M/NZ1/00935	Piotr Widłak in cooperation with Neil D. Perkins (University of Newcastle)and Marek Kimmel (Rice University)	Współdziałanie ścieżek sygnałowych zależnych od NF-κB i p53 w komórkowej odpowiedzi na czynniki uszkadzajace DNA Interplay between NF-κB and p53-dependent pathways in cellular response to DNA damaging factors.
2013-2017	NCN2013/08/S/NZ2/00868	Anna Wojakowska	Wykorzystanie technik spektrometrii mas do profilowania i identyfikacji proteomicznych i metabolomicznych składników guza swoistych dla poszczególnych typów raka tarczycy Mass spectrometry-based proteomic and metabolomic profiling of different types of thyroid cancer.
2013-2017	NCN2012/07/B/NZ4/01450	Piotr Widłak	Profilowanie proteomu guza w klasyfikacji raków tarczycy. Proteomic patterns in classification of thyroid cancer
2012-2017	NCN2011/03/D/NZ4/03507	Magdalena Kalinowska-Herok	Scharakteryzowanie białek swoistych dla molekularnych marginesów guza nowotworowego za pomocą obrazowania molekularnego Imaging Mass Spectrometry. Characterization of molecular margins of cancer by MALDI imaging mass spectrometry
2013-2016	NCN2012/05/N/NZ4/02307	Anna Walaszczyk	Identyfikacja składników proteomu surowicy związanych z ryzykiem wczesnego rozsiewu raka piersi Identification of serum proteome components associated with risk of early metastasis of breast cancer
2013-2016	NCN2012/05/B/NZ2/01618	Marek Kimmel in cooperation with Silesian University of Technology	Bioinformatyczne i biofizyczne modele sekwencji DNA wiążących NF-kappaB: przewidywanie lokalizacji miejsc wiązania w genomach i ich weryfikacja doświadczalna, oraz analiza ko-ewolucji z rodziną białek NF-kappaB. Bioinformatics and biophysical models of NF-kappaB binding sites in DNA: genomewide prediction of binding sites, experimental confirmation and co-evolution with the NF-kappaB family
2011-2014	NCN2011/01/B/NZ4/03563	Piotr Widłak	Identyfikacja cech proteomu surowicy człowieka odzwierciedlających ekspozycję na promieniowanie jonizujące Identification of serum proteome features reflecting exposure of humans to ionizing radiation
2011-2013	MNiSWN401 563740	Piotr Widłakdoctoral grant of Patryk Janus	Analiza wpływu czynnika transkrypcyjnego HSF1 na ścieżkę sygnałową zależną od NFB Analysis of interference between HSF1 transcription factor and NFB-dependent pathway.
2011-2016	MNiSWN402 685640	Dorota Gabryś in cooperation with Department of Radiotherapy (COG)	Analiza toksycznego działania promieniowania jonizującego i antracyklin na układ sercowo-naczyniowy. Analysis of cardiotoxicity of ionizing radiation and anthracyclines
2010-2013	MNiSWPOIG.01.01.02-20-080/09 (2A)	Monika Pietrowska in cooperation with Gdańsk Medical University – project leader	Opracowanie molekularnych testów wspomagających wykrywanie wczesnego raka płuca – MOLTEST 2013. (Identyfikacja profilu białek surowicy krwi swoistego dla osób z rakiem płuc w niskim stopniu zaawansowania klinicznego). Molecular tests supporting early detection of lung cancer – MOLTEST2013. (Serum proteome mass profiles specific for low grade lung cancer).
2010-2013	MNiSWN402 4503 39	Piotr Widłak	Próba identyfikacji markerów promieniowrażliwości za pomocą analizy profilu masowego proteomu surowicy krwi u chorych leczonych promieniami z powodu nowotworów głowy i szyi. Identification of radiosensitivity markers in serum proteome of patients with head and neck cancer treated with radical radiotherapy.
2010-2013	MNiSWN402 3506 38	Rafał Tarnawski we współpracy z III Kliniką Radioterapii i Chemioterapii NIO w Gliwicach	Analiza proteomiczna surowicy krwi w celu wczesnego rozpoznania i optymalizacji leczenia chorych na niedrobnokomórkowego raka płuca. Analysis of serum proteome for early detection and optimizing of treatment of non-small cell lung cancer patients.

Historia zespołu

W roku 1998 po powrocie ze stażu naukowego w UT Southwestern Medical Center w Dallas dr Piotr Widłak został zastępcą kierownika utworzonego w tym czasie w Instytucie Onkologii Zakładu Radiobiologii Doświadczalnej i Klinicznej (kierownikiem Zakładu była doc. Joanna Rzeszowska-Wolny). W trakcie stażu w laboratorium prof. Williama Garrad’a, współpracując z zespołem prof. Xiaodong Wang, dr Widłak uczestniczył w pracach, których wynikiem było odkrycie i wstępne scharakteryzowanie głównej nukleazy apoptotycznej – białka DFF (m.in. praca Liu et al. 1998 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9671700). Badania nad procesami fragmentacji chromatyny i degradacji jąder komórkowych w komórkach ulegających apoptozie, prowadzone we współpracy z prof. Garrad’em z UT Southwestern, były przez szereg lat głównym tematem badawczym zespołu Piotra Widłaka. Badania przeprowadzone przez Zespól umożliwiły dogłębne poznanie mechanizmów działania i regulacji endonukleazy DFF40/CAD i innych aspektów apoptotycznej fragmentacji chromatyny [ publikacje zespołu dotyczące tej tematyki ]. Prowadzone prace były podstawą rozprawy habilitacyjnej Piotra Widłaka (2001), oraz doktoratów Magdaleny Kalinowskiej-Herok (2008) i Jakuba Hanusa (2010).

Drugim głównym tematem prac badawczych zespołu była rola struktury chromatyny w naprawie DNA, oraz białka wiążące się uszkodzonym DNA. Zrealizowane projekty umożliwiły scharakteryzowanie kilku białek chromatyny oddziałujących z uszkodzonym DNA [ publikacje zespołu dotyczące tej tematyki ]. Prowadzone prace były podstawą prac doktorskich Joanny Łanuszewskiej (2005) i Moniki Pietrowskiej (2005).

Obszarem zainteresowań zespołu Prof. Widłaka jest proteomika kliniczna. Prowadzone badania mają na celu scharakteryzowanie i identyfikację białek i peptydów, a także innych cząsteczek biologicznych, o potencjalnej wartości dla molekularnej diagnostyki i klasyfikacji chorób nowotworowych. Prowadzone projekty dotyczą proteomu i metabolomu krwi i tkanek nowotworowych. Pierwszym przedmiotem zainteresowań Zespołu w tym obszarze tematycznym była możliwość wykorzystania składników proteomu surowicy do klasyfikacji i wczesnego wykrywania nowotworów. W projektach wykorzystywany był materiał pobrany od pacjentów z nowotworami piersi, płuc, prostaty, żołądka oraz regionu głowy i szyi. Analizowany jest również wpływ promieniowania jonizującego na zmiany proteomu i metabolomu surowicy pacjentów poddanych radioterapii (badania prowadzone między innymi w ramach europejskiego projektu OPERRA-VIBRATO). Innym tematem badań prowadzonych przez Zespół w obszarze proteomiki klinicznej jest profilowanie proteomu i metabolomu tkanki nowotworowej na potrzeby klasyfikacji podtypów molekularnych nowotworów (np. raka tarczycy). Zespół wdrożył również metodę obrazowania molekularnego MALDI-MSI. Metoda ta jest wykorzystywana między innymi w badaniach molekularnej heterogenności nowotworów [ publikacje zespołu dotyczące tej tematyki proteomiki klinicznej ]. Projekty wykorzystujące narzędzia proteomiki i spektrometrii mas prowadzone są w ścisłej współpracy ze statystykami i bioinformatykami z Politechniki Śląskiej w Gliwicach (zespoły prof. Joanny Polańskiej i prof. Andrzeja Polańskiego), oraz z zespołem prof. Macieja Stobieckiego i dr Łukasza Marczaka z Instytutu Chemii Bioorganiczej PAN w Poznaniu. Prace prowadzone w tej dziedzinie były podstawą rozprawy habilitacyjnej Moniki Pietrowskiej (2014) oraz pracy doktorskiej Małgorzaty Roś-Mazurczyk (2017).

Kolejny obszar zainteresowań zespołu Prof. Widłaka to molekularne mechanizmy odpowiedzi komórek na czynniki stresu, w tym odpowiedź komórek na promieniowanie jonizujące. Obecnie prowadzone są badania mające na celu scharakteryzowanie współzależności miedzy szlakami przekazywania sygnału zależnymi od czynników transkrypcyjnych HFS1, NF- κB i p53 [ publikacje zespołu dotyczące tej tematyki ]. Ta tematyka badawcza prowadzona jest we współpracy z biomatematykami z Politechniki Śląskiej w Gliwicach (zespół prof. Andrzeja Świerniaka) oraz z Rice University w Houston (zespół prof. Marka Kimmla). Prowadzone prace były podstawą prac doktorskich Katarzyny Szołtysek (2012) i Patryka Janusa (2013). Innym tematem prowadzonych badań jest kardiotoksyczne działanie promieniowania jonizującego. Badania te zainicjowane zostały w ramach współpracy z europejskim konsorcjum CARDIORISK , a uzyskane wyniki były podstawą pracy doktorskiej Karola Jelonka (2011) i Anny Walaszczyk (2014).

Obecnie do obszaru zainteresowań badawczych zespołu doszła również tematyka dotycząca egzosomów jako cząsteczek uczestniczący w przekazywaniu sygnału biologicznego. Badania te zostały wprowadzone przez Prof. Monikę Pietrowską i są realizowane we współpracy z Prof. Teresą Whiteside (Pittsburgh University) [ publikacje zespołu dotyczące tej tematyki ]. Prowadzone badania były m.in. wykorzystane w pracach doktorskich Agaty Abramowicz (2019) i Mateusz Smolarza.

Zespół Proteomiki Klinicznej opiekuje się Laboratorium Spektrometrii Mas. Laboratorium wykorzystuje szereg platform badawczych (m.in. systemy MALDI-ToF, ESI-Orbitrap sprzężone z systemami HPLC i NanoLC) umożliwiających prowadzenie szerokiego spektrum badań proteomicznych. Aparatura została zakupiona w ramach projektu inwestycyjnego  Śląska BIOFARMA oraz dotacji Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego na stworzenie Laboratorium Badań nad Strukturą i Funkcją Egzosomów.

W badaniach prowadzonych w naszym Zespole zajmowaliśmy się scharakteryzowaniem proteomu egzosomów uwalnianych in vitro przez komórki raka płaskonabłonkowego regionu głowy i szyi (RGiSz) o zróżnicowanej oporności na cisplatynę, w celu zidentyfikowania składników odpowiedzialnych za oporność na terapię. W naszym spektrum zainteresowań jest również scharakteryzowanie proteomu egzosomów uwalnianych in vitro przez komórki RGiSz odpowiadające w różny sposób na promieniowanie jonizujące. Badania realizujemy we współpracy międzynarodowej (zespół I. Tinhofer z Charite University w Berlinie i zespół M.D. Story’ego z UT Southwestern Medical Center w Dallas, USA). W efekcie realizacji badań z wykorzystaniem infrastruktury zakupionej w ramach dotacji Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego wykazaliśmy udział egzosomów w indukcji w komórkach-biorcach efektu sąsiedztwa tj. zjawiska wynikającego z kontaktu komórek napromienionych z komórkami niepoddanymi działaniu promieniowania.

Obecnie Zespół Proteomiki Klinicznej realizuje projekty dotyczące identyfikacji cząsteczek (głównie peptydów) o różnej dystrybucji w tkankach prawidłowych i patologicznych (np. poszukiwanie znaczników stanów chorobowych). W przypadku metod „omicznych” strategia identyfikacji biomarkerów na poziomie tkanki polega na porównaniu kompletnego profilu molekularnego (np. proteomu) tkanki zmienionej chorobowo (np. guza nowotworowego) i odpowiadającej jej tkanki prawidłowej w celu znalezienia czynników o istotnie zmienionym poziomie ilościowym. Dzięki zaletom techniki molekularnego obrazowania tkanek z wykorzystaniem spektrometrii mas (MALDI-ToF) możliwa jest analiza i porównanie profilu molekularnego tzw. regionów zainteresowania (region of interest, ROI) określonych przez patologa w preparacie mikroskopowym bez konieczności ich fizycznego wyodrębniania metodami mikrodysekcji (tzw. wirtualna mikrodysekcja). Ważną cechą MSI jest możliwość bezpośredniego przypisania rejestrowanych profili molekularnych do poszczególnych struktur i typów komórek (komórki przedrakowe, obszary zapalne, komórki pochodzące z mikrośrodowiska, itd.). Jednak prawdziwie unikalną cechą MSI jest możliwość wykrywania odmienności molekularnej między obszarami nie wykazującymi różnic w morfologicznym obrazie mikroskopowym. Dzięki temu metodą MSI można wykrywać i analizować molekularną heterogenność tkanki. Badania w zakresie tej tematyki rozwija dr n. chem. Marta Gawin pod opieką Prof. Piotra Widłaka.

W badaniach nad biologią nowotworów coraz większą uwagę zwraca się na komunikację międzykomórkową pomiędzy komórkami nowotworowymi a komórkami prawidłowymi (ze szczególnym uwzględnieniem komórek układu immunologicznego), za którą odpowiadają pęcherzyki zewnątrzkomórkowe. Jedną z funkcji, którą przypisuje się małym pęcherzykom zewnątrzkomórkowym jest hamowanie odpowiedzi immunologicznej w reakcji na rozwijający się nowotwór. Małe pęcherzyki zewnątrzkomórkowe mogą promować jego rozwój przez przenoszenie cząsteczek sygnałowych między komórkami, modulując mikrośrodowisko guza. Realizowane przez nas obecnie badania dotyczą oceny białkowego profilu małych pęcherzyków zewnątrzkomórkowych uwalnianych przez komórki czerniaka (MTEX). Nasza dotychczasowa analiza sygnatury peptydów MTEX izolowanych z osocza pacjentów z przerzutowym czerniakiem wykazała, że PDCD6IP jest białkiem, którego poziom najsilniej odróżnia pacjentów z progresją choroby po terapii onkologicznej (progressive disease, PD) od pacjentów, u których choroba jest stabilna lub nie stwierdza się objawów rozwoju choroby (no evidence of disease/stable disease, NED/SD). Obecnie kontynuujemy badania nad rolą białka PDC6IP w progresji czerniaka. Projekt realizowany jest we współpracy międzynarodowej (zespół T. Whiteside z University of Pittsburgh Cancer Institute, Pittsburgh, USA).

W błonie małych pęcherzyków zewnątrzkomórkowych potwierdzono obecność wielu czynników swoistych dla komórek „rodzicielskich”, w tym receptorów kluczowych dla odpowiedzi immunologicznej. Co istotne, profil głównego kompleksu zgodności tkankowej (MHC – ang. major histocompatibility complex) obecnego w błonie małych pęcherzyków zewnątrzkomórkowych jest identyczny z profilem MHC komórki rodzicielskiej. Zakładamy, że po przeszczepieniu nerki w krwioobiegu biorcy obecne są zarówno małe pęcherzyki zewnątrzkomórkowe z profilem MHC biorcy, jak i te uwalniane przez komórki przeszczepionego organu, czyli przez komórki posiadające profil MHC dawcy. Główną przyczyną odrzucenia przeszczepu jest odpowiedź alloimmunologiczna, która jest inicjowana we wtórnych narządach limfoidalnych biorcy przez limfocyty T rozpoznające antygeny MHC dawcy (ang. allorecognition).

Zakładamy, że przeszczepy allogeniczne uwalniają małe pęcherzyki zewnątrzkomórkowe, które migrują z przeszczepu i przenoszą cząsteczki MHC dawcy do narządów limfoidalnych biorcy przyczyniając się do wzmocnienia odpowiedzi immunologicznej biorcy przeciwko przeszczepionemu narządowi, co w efekcie prowadzi do jego odrzucenia. W obecnie realizowanym projekcie planujemy identyfikację oraz analizę składu i funkcji małych pęcherzyków zewnątrzkomórkowych uwalnianych przez komórki przeszczepionego narządu i obecnych w krwioobiegu biorcy. Ilościowe monitorowanie antygentów o znaczeniu immunologicznym na powierzchni małych pęcherzyków zewnątrzkomórkowych przyczyni się do poznania immunomodulacyjnej roli wybranych białkowych składników małych pęcherzyków zewnątrzkomórkowych oraz poszerzy wiedzę na temat biologii tych struktur, ze szczególnym uwzględnieniem ich udziału w mechanizmach odrzucania przeszczepionej nerki. Możliwość oceny ilościowej poziomu składników swoistych dla małych pęcherzyków zewnątrzkomórkowych uwalnianych przez przeszczepiony narząd może w przyszłości posłużyć jako nieinwazyjna metoda monitorowania stanu narządu po przeszczepieniu i przewidywania ryzyka odrzucenia przeszczepu. Projekt realizowany jest we współpracy z Gdańskim Uniwersytetem Medycznym (Lider Projektu) oraz Instytutem Chemii.